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Run: ERR9787033
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Run ID: ERR9787033

Sample name:

Date: 02-04-2023 12:57:04

Number of reads: 984446

Percentage reads mapped: 72.45

Strain: lineage6

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage6 West-Africa 2 AFRI_1 RD702 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7587 p.Leu96Met missense_variant 1.0
gyrA 8493 p.Leu398Phe missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491668 p.Lys296Glu missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 760855 p.Thr350Ile missense_variant 1.0
rpoB 760969 p.Ser388Leu missense_variant 1.0
rpoB 761723 p.Glu639Asp missense_variant 1.0
rpoB 762080 c.2274G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762083 c.2277T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762084 p.Ala760Pro missense_variant 0.12
rpoB 762101 c.2295C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 766231 c.2862T>C synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777610 p.Leu291Phe missense_variant 0.97
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304835 c.1905G>A synonymous_variant 1.0
Rv1258c 1406685 p.Val219Ala missense_variant 1.0
embR 1416633 p.Leu239Val missense_variant 1.0
atpE 1461251 c.207G>T synonymous_variant 0.98
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471972 n.127T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1471979 n.134T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1471981 n.136C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1471997 n.152T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472023 n.178G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472030 n.185G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472031 n.186G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472032 n.187G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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rrs 1472039 n.194G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrs 1472310 n.465T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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rrs 1472492 n.648_651delTACT non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472498 n.656_657insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472507 n.662C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472517 n.672T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
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rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
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rrl 1476268 n.2611A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476275 n.2618T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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