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Run: ERR10796555
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Run ID: ERR10796555

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Date: 31-03-2023 11:11:22

Number of reads: 3096347

Percentage reads mapped: 100.0

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
embC 4240785 p.Gly308Asp missense_variant 0.13 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6438 p.Pro400Arg missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
mshA 576118 c.771C>A synonymous_variant 0.15
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472083 n.238G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472141 n.296G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472284 n.439C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474628 n.971C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474934 n.1277C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475688 n.2031G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475692 n.2035G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475706 n.2049A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475735 n.2078T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475760 n.2103C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475764 n.2107A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475772 n.2115A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475900 n.2243A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475938 n.2281C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475977 n.2320A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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