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Run: ERR10796629
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Run ID: ERR10796629

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:12:50

Number of reads: 151223

Percentage reads mapped: 99.99

Strain: lineage4

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5380 p.Trp47* stop_gained 0.25
gyrB 5670 p.Tyr144Phe missense_variant 0.29
gyrB 6438 p.Pro400Arg missense_variant 0.89
gyrB 6537 p.Thr433Ile missense_variant 0.2
gyrB 6554 p.Pro439Ser missense_variant 0.2
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 8362 p.Arg354Pro missense_variant 0.67
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9509 c.2208G>A synonymous_variant 0.29
gyrA 9653 c.2352C>T synonymous_variant 0.33
fgd1 491423 p.Gly214Asp missense_variant 0.29
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 576266 p.Ala307Thr missense_variant 0.5
rpoB 760028 c.222C>T synonymous_variant 0.5
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 762086 c.2280G>A synonymous_variant 0.67
rpoB 762625 p.Val940Gly missense_variant 0.33
rpoC 764841 c.1474_1475delGC frameshift_variant 0.4
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 766155 p.Ala929Val missense_variant 0.5
mmpL5 775892 c.2589C>T synonymous_variant 0.22
mmpL5 775951 c.2530C>T synonymous_variant 0.5
mmpL5 777015 p.Gly489Asp missense_variant 0.2
mmpL5 777780 p.Thr234Met missense_variant 0.33
mmpR5 779003 p.Asp5Gly missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781515 c.-45G>A upstream_gene_variant 0.4
rpsL 781518 c.-42G>A upstream_gene_variant 0.4
fbiC 1303330 p.Arg134* stop_gained 0.33
fbiC 1303463 p.Ala178Val missense_variant 0.33
fbiC 1305224 p.Asp765Val missense_variant 0.4
fbiC 1305309 c.2379G>A synonymous_variant 0.5
Rv1258c 1406101 p.Pro414Ser missense_variant 0.67
Rv1258c 1406811 p.Thr177Ser missense_variant 0.5
embR 1416422 p.Arg309Leu missense_variant 0.67
rrs 1471853 n.8T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1471866 n.21C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472080 n.235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472328 n.483G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472330 n.485G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472333 n.488G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473392 n.-266C>A upstream_gene_variant 0.5
rrl 1473972 n.315G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474048 n.391G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474124 n.467G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474125 n.468C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474945 n.1288C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474946 n.1289C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474948 n.1291C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475031 n.1374G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475515 n.1858G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475531 n.1874C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475538 n.1881T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475649 n.1992A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475655 n.1998T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475657 n.2000A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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