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Run: SRR6046343

Summary

Run ID: SRR6046343

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:15:25

Number of reads: 2119523

Percentage reads mapped: 71.13

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.29
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473122 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474124 n.467G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474125 n.468C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474282 n.625G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474284 n.631_633delCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474315 n.658A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
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rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474381 n.724T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474628 n.971C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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