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Run: ERR10796563
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Run ID: ERR10796563

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:11:33

Number of reads: 2482069

Percentage reads mapped: 100.0

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5723 p.Ala162Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 575240 c.-108G>A upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
atpE 1461100 p.Gly19Asp missense_variant 0.15
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1471925 n.80T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1471927 n.82T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472446 n.601T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472846 n.1001C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472847 n.1002G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472849 n.1004C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472866 n.1023dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472875 n.1030T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.37
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474156 n.499G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474315 n.658A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474444 n.787G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
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rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474934 n.1277C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475026 n.1369G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475031 n.1374G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
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