TB-Profiler result

Run: ERR2513405
Summary

Run ID: ERR2513405

Sample name:

Date: 31-03-2023 19:39:46

Number of reads: 3085388

Percentage reads mapped: 85.77

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.11
rpoB 761132 c.1326G>T synonymous_variant 0.12
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761150 c.1344A>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761165 c.1359G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762855 p.Val1017Ile missense_variant 0.11
rpoC 762863 c.-507T>C upstream_gene_variant 0.12
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.12
rpoC 762887 c.-483G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763600 c.231C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 763609 c.240C>T synonymous_variant 0.13
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763624 c.255C>A synonymous_variant 0.13
rpoC 763630 c.261G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763660 c.291T>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763669 c.300C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763675 c.306C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764644 c.1275G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764656 c.1287C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764695 c.1326T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764701 c.1332C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.13
rpoC 764722 c.1353G>C synonymous_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 0.98
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801021 c.213C>T synonymous_variant 0.99
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
embR 1416566 p.Asp261Ala missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472495 n.650C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472582 n.737G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474249 n.592G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474286 n.629_630insAG non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474289 n.632C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474290 n.633T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474291 n.634T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474294 n.638_652delCTCTCCGGAGGAGGG non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474381 n.724T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474450 n.793T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474664 n.1007G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474869 n.1212G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475963 n.2306G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475996 n.2339T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475997 n.2340A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476024 n.2367T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476025 n.2368G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476033 n.2376T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476034 n.2377C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476045 n.2388G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476056 n.2399G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476058 n.2401T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476251 n.2594T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476308 n.2651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155366 p.Arg249His missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyX 3067286 c.660C>T synonymous_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
clpC1 4039982 c.723G>C synonymous_variant 0.12
clpC1 4039994 p.Glu237Asp missense_variant 0.11
clpC1 4040003 c.702G>C synonymous_variant 0.1
clpC1 4040015 c.690G>C synonymous_variant 0.11
clpC1 4040018 c.687G>C synonymous_variant 0.11
clpC1 4040021 c.684A>C synonymous_variant 0.11
clpC1 4040033 c.672G>C synonymous_variant 0.11
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
ethA 4326676 p.Ser266Arg missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0
embR 1413135 c.781_*3045del stop_lost&conservative_inframe_deletion&splice_region_variant 1.0