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Run: ERR5979454
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Run ID: ERR5979454

Sample name:

Date: 02-04-2023 01:08:52

Number of reads: 1933985

Percentage reads mapped: 86.38

Strain: lineage3

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7570 p.Ala90Val missense_variant 0.54 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
gyrA 7582 p.Asp94Ala missense_variant 0.4 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.97 rifampicin
rrs 1472362 n.517C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 0.98 isoniazid
pncA 2288841 c.399_400dupTG frameshift_variant 0.53 pyrazinamide
pncA 2288848 c.393dupC frameshift_variant 0.37 pyrazinamide, pyrazinamide
embB 4247429 p.Met306Val missense_variant 0.78 ethambutol
embB 4248003 p.Gln497Arg missense_variant 0.34 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8131 p.Gln277Arg missense_variant 0.98
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763537 c.168C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.14
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763578 p.Phe70Tyr missense_variant 0.15
rpoC 763609 c.240C>G synonymous_variant 0.17
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763618 c.249C>G synonymous_variant 0.17
rpoC 763621 c.252C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.19
rpoC 763666 c.297G>T synonymous_variant 0.19
rpoC 763672 c.303C>G synonymous_variant 0.15
rpoC 764611 c.1242G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764623 c.1254C>G synonymous_variant 0.1
rpoC 764665 c.1296C>G synonymous_variant 0.1
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.16
rpoC 764746 c.1377G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764758 c.1389C>G synonymous_variant 0.17
rpoC 764764 c.1395T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764780 c.1411_1413delAGCinsTCA synonymous_variant 0.12
rpoC 766488 p.Pro1040Leu missense_variant 1.0
rpoC 767058 p.Thr1230Ile missense_variant 0.58
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472289 n.444T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1476519 n.2862C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476534 n.2877A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4040753 c.-49G>A upstream_gene_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 0.99
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4245356 c.2124C>T synonymous_variant 1.0
embB 4248508 c.1995G>A synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0