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Run: SRR9971372
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Run ID: SRR9971372

Sample name:

Date: 04-04-2023 23:25:40

Number of reads: 3317430

Percentage reads mapped: 57.97

Strain: lineage4.1.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761095 p.Leu430Pro missense_variant 0.99 rifampicin
rpoB 761108 p.Met434Ile missense_variant 0.97 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
embB 4248003 p.Gln497Arg missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6184 c.945C>A synonymous_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491342 p.Arg187His missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.14
ccsA 620123 p.Arg78Pro missense_variant 0.11
rpoC 764543 p.Thr392Ala missense_variant 0.14
rpoC 764573 p.Leu402Ile missense_variant 0.17
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.16
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.18
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.16
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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