Run ID: SRR9971372
Sample name:
Date: 04-04-2023 23:25:40
Number of reads: 3317430
Percentage reads mapped: 57.97
Strain: lineage4.1.1
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1.1 | Euro-American (X-type) | X1;X2;X3 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761095 | p.Leu430Pro | missense_variant | 0.99 | rifampicin |
rpoB | 761108 | p.Met434Ile | missense_variant | 0.97 | rifampicin |
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 | streptomycin |
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fabG1 | 1673425 | c.-15C>T | upstream_gene_variant | 1.0 | isoniazid, ethionamide |
embB | 4248003 | p.Gln497Arg | missense_variant | 1.0 | ethambutol |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 6184 | c.945C>A | synonymous_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491342 | p.Arg187His | missense_variant | 1.0 |
mshA | 576108 | p.Ala254Gly | missense_variant | 0.14 |
ccsA | 620123 | p.Arg78Pro | missense_variant | 0.11 |
rpoC | 764543 | p.Thr392Ala | missense_variant | 0.14 |
rpoC | 764573 | p.Leu402Ile | missense_variant | 0.17 |
rpoC | 764578 | c.1209C>G | synonymous_variant | 0.14 |
rpoC | 764581 | c.1212T>C | synonymous_variant | 0.16 |
rpoC | 764582 | p.Leu405Met | missense_variant | 0.16 |
rpoC | 764602 | c.1233C>T | synonymous_variant | 0.18 |
rpoC | 764605 | c.1236G>T | synonymous_variant | 0.16 |
rpoC | 764611 | c.1242G>T | synonymous_variant | 0.15 |
rpoC | 764626 | c.1257C>T | synonymous_variant | 0.14 |
rpoC | 764650 | c.1281G>T | synonymous_variant | 0.14 |
rpoC | 764653 | c.1284G>C | synonymous_variant | 0.1 |
rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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