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Run: SRR22424778
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Run ID: SRR22424778

Sample name:

Date: 04-04-2023 04:11:15

Number of reads: 605709

Percentage reads mapped: 47.26

Strain: lineage2.2.1.1

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
lineage2.2.1.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD150 RD105;RD207;RD181;RD150 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8009 c.708A>G synonymous_variant 0.11
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1305269 p.Arg780His missense_variant 0.17
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472284 n.439C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472312 n.467G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472332 n.487A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472333 n.488G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472434 n.589_590insC non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472437 n.592T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472438 n.594delC non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472446 n.601T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472447 n.602C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472449 n.604C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472460 n.615_616insCC non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472467 n.622G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472486 n.641A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472847 n.1002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472849 n.1005delT non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472859 n.1014G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472861 n.1016G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474675 n.1018C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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