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Run: SRR6046484
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Run ID: SRR6046484

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:17:43

Number of reads: 678667

Percentage reads mapped: 35.89

Strain: lineage1.2.2.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.2.2 Indo-Oceanic EAI1 RD239 1.0
lineage1.2.2.2 Indo-Oceanic NA RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5075 c.-165C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7268 c.-34C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8423 c.1122G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576180 p.Lys278Arg missense_variant 0.2
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.25
rpoB 760980 c.1174C>A synonymous_variant 0.15
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763342 c.-28C>A upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 764086 c.717C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 766075 c.2706C>T synonymous_variant 0.14
rpoC 766751 p.Arg1128Ser missense_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302890 c.-41G>T upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304860 p.Lys644Gln missense_variant 0.1
Rv1258c 1407414 c.-74G>T upstream_gene_variant 0.12
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474284 n.631_633delCCT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474674 n.1017A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474675 n.1018C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475767 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476032 n.2375C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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