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Run: ERR4815502
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Run ID: ERR4815502

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:54:02

Number of reads: 2206456

Percentage reads mapped: 64.51

Strain: lineage4.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6507 p.Ala423Val missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9656 c.2355C>G synonymous_variant 1.0
rpoB 762200 c.2394C>T synonymous_variant 0.14
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.19
rpoB 762236 c.2430G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.18
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.17
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.11
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 0.13
rpoC 763043 c.-327G>C upstream_gene_variant 0.18
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.17
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.16
rpoB 763077 p.Val1091Thr missense_variant 0.16
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.18
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.17
rpoB 763119 p.Asn1105Asp missense_variant 0.16
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763675 c.306C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.28
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.28
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.26
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.25
rpoC 763718 p.Leu117Val missense_variant 0.25
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.25
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.26
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.25
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 763744 c.375G>C synonymous_variant 0.23
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.23
rpoC 763772 p.Val135Met missense_variant 0.17
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.2
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.19
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.22
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764656 c.1287C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.16
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.16
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.15
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 765187 c.1818C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 766012 c.2643C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775973 p.Leu836Phe missense_variant 1.0
mmpL5 776411 c.2070T>C synonymous_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781421 c.-139C>A upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781796 p.Met79Ile missense_variant 0.12
rpsL 781802 c.243G>C synonymous_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1471926 n.81C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472069 n.224G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472373 n.528G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472413 n.568G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472431 n.586G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
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rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473346 n.1501G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.25
rrl 1473697 n.40C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473698 n.41G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473699 n.42A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473700 n.43G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473719 n.62G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473728 n.71A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473743 n.86C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473750 n.93C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474123 n.466A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474143 n.486T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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