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Run: SRR10315579
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Run ID: SRR10315579

Sample name:

Date: 02-04-2023 17:10:52

Number of reads: 4700847

Percentage reads mapped: 73.63

Strain: lineage2.2.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
lineage2.2.1.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD150 RD105;RD207;RD181;RD150 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 0.96 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762980 c.-390T>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762995 c.-375G>C upstream_gene_variant 0.1
rpoB 763005 p.Cys1067Gly missense_variant 0.12
rpoB 763014 p.Met1070Leu missense_variant 0.11
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 0.11
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 0.11
rpoC 763043 c.-327G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1475735 n.2078T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475760 n.2103_2104insGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475763 n.2107_2109delAAG non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476197 n.2540T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476209 n.2552A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476224 n.2567A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476255 n.2598A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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