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Run: SRR6046020
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Run ID: SRR6046020

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:09:38

Number of reads: 1423025

Percentage reads mapped: 62.11

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 0.98
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491027 p.Asn82Thr missense_variant 0.24
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 761054 c.1248G>C synonymous_variant 0.1
rpoB 761057 c.1251G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761060 c.1254C>G synonymous_variant 0.11
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.1
rpoB 762053 c.2247T>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762057 p.Ile751Val missense_variant 0.11
rpoB 762062 c.2256T>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762065 c.2259T>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762071 p.Asp755Glu missense_variant 0.11
rpoB 762080 c.2274G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762085 p.Ala760Glu missense_variant 0.12
rpoB 762158 c.2352G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762855 p.Val1017Ile missense_variant 0.12
rpoB 762858 p.Thr1018Ser missense_variant 0.12
rpoC 762863 c.-507T>G upstream_gene_variant 0.11
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.11
rpoC 762887 c.-483G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762980 c.-390T>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764593 c.1224C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.18
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.18
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.13
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777820 c.661C>T synonymous_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303016 p.Val29Gly missense_variant 0.18
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472436 n.591G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472437 n.592T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472449 n.604C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472450 n.605A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472451 n.606C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472706 n.861C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473291 n.1446G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474214 n.557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474228 n.571T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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