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Run: ERR3806588

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Run ID: ERR3806588

Sample name:

Date: 01-04-2023 03:22:05

Number of reads: 3072791

Percentage reads mapped: 77.88

Strain: lineage6

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage6 West-Africa 2 AFRI_1 RD702 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
embC 4240781 p.Ala307Thr missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8493 p.Leu398Phe missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491668 p.Lys296Glu missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 760855 p.Thr350Ile missense_variant 1.0
rpoB 760969 p.Ser388Leu missense_variant 1.0
rpoB 761723 p.Glu639Asp missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.93
rpoC 763657 p.Glu96Asp missense_variant 0.1
rpoC 766231 c.2862T>C synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406664 p.Arg226His missense_variant 1.0
Rv1258c 1406685 p.Val219Ala missense_variant 1.0
embR 1416633 p.Leu239Val missense_variant 1.0
atpE 1461251 c.207G>T synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrs 1472437 n.592T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
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rrs 1472843 n.998A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrs 1472874 n.1029C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472875 n.1030_1031insTTAGTTGGTC non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1476312 n.2655T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
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