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Run: ERR2514430

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Run ID: ERR2514430

Sample name:

Date: 31-03-2023 20:20:11

Number of reads: 3407055

Percentage reads mapped: 87.48

Strain: lineage4.1.1.3.1;lineage3.1.2

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 0.23
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.76
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 0.75
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 0.39
lineage3.1.2 East-African-Indian CAS;CAS2 RD750 0.24
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 0.77
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 0.72
lineage4.1.1.3.1 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 0.75
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 0.26
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 0.21
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 0.24
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.26
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 0.72
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 0.26
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303601 p.Glu224Gly missense_variant 0.73
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471972 n.127T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1471981 n.136C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472009 n.164T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472085 n.240C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472107 n.262A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472288 n.443A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472290 n.445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrs 1472325 n.480G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472326 n.481T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472329 n.484A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472330 n.485G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472368 n.523A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
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rrs 1472522 n.677T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
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rrs 1472585 n.740A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472623 n.778A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
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rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
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rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472767 n.922G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
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rrs 1472954 n.1110delC non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472958 n.1113_1114insC non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrs 1472986 n.1141_1142insA non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472989 n.1145delA non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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PPE35 2168604 p.Pro670Leu missense_variant 0.24
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pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 0.3
kasA 2518245 p.His44Arg missense_variant 0.16
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