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Run: SRR14801325
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Run ID: SRR14801325

Sample name:

Date: 03-04-2023 11:43:07

Number of reads: 4521039

Percentage reads mapped: 80.08

Strain: lineage4.2.1

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 0.99
lineage4.2.1 Euro-American (TUR) H3;H4 None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7563 p.Gly88Cys missense_variant 0.99 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761098 p.Ser431Thr missense_variant 0.11 rifampicin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.98 rifampicin
rpsL 781822 p.Lys88Arg missense_variant 0.94 streptomycin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 0.99 isoniazid
eis 2715344 c.-12C>T upstream_gene_variant 1.0 kanamycin
embA 4243221 c.-12C>T upstream_gene_variant 0.98 ethambutol
embB 4247402 p.Ser297Ala missense_variant 0.98 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 0.99
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491247 c.465C>T synonymous_variant 0.99
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.12
ccsA 619969 p.Val27Ile missense_variant 0.99
rpoB 761036 c.1230G>C synonymous_variant 0.1
rpoB 761037 c.1231T>C synonymous_variant 0.1
rpoB 761057 c.1251G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761064 p.Ala420Ser missense_variant 0.12
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.11
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763537 c.168C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.11
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763573 c.204G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764817 p.Val483Gly missense_variant 0.98
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471969 n.124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1471991 n.146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1471997 n.152T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1471998 n.153G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472005 n.160T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472486 n.641A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472494 n.649A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472507 n.662C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472508 n.663T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472571 n.726G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472583 n.738T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472673 n.828T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472685 n.840G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472686 n.841G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472687 n.842A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472793 n.948A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472803 n.958T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472844 n.999C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472862 n.1017T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472863 n.1018T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472969 n.1124_1125insAGCCCTT non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472972 n.1127T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473062 n.1217T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473120 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473201 n.1356A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474476 n.819C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474483 n.826C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474558 n.901G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474662 n.1005C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474688 n.1031G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474690 n.1033C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
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rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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