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Run: SRR15508556
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Run ID: SRR15508556

Sample name:

Date: 03-04-2023 14:13:37

Number of reads: 6792736

Percentage reads mapped: 78.17

Strain: lineage4.3.4.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.1 Euro-American (LAM) LAM1;LAM2 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.36
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764498 p.Ser377Ala missense_variant 0.12
rpoC 764503 c.1134G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764509 c.1140G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764548 c.1179G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764549 p.Pro394Thr missense_variant 0.14
rpoC 764561 p.Pro398Ala missense_variant 0.15
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.15
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.17
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.19
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.21
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.2
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.16
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764660 p.Val431Ile missense_variant 0.13
rpoC 764683 c.1314G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472507 n.662C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472571 n.726G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472606 n.761C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472623 n.778A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472645 n.800G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472660 n.815T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472666 n.821G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472686 n.841G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472694 n.849C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472714 n.869A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472993 n.1148G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473134 n.1289T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473269 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473320 n.1475G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473324 n.1479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474265 n.608G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474275 n.618T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474291 n.635_645delTTCCTCTCCGG non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474305 n.648G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474308 n.653_654delTG non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474359 n.702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474488 n.831G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474516 n.859C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474770 n.1113G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474800 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474830 n.1173A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475692 n.2035G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475997 n.2340A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476095 n.2438C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476103 n.2446C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476104 n.2448delG non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476110 n.2453G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476540 n.2883C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476544 n.2887T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476566 n.2909A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2167890 p.Gly908Ala missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 0.99
ahpC 2726323 p.Pro44Arg missense_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
Rv3236c 3612896 p.Gly74Ala missense_variant 1.0
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