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Run: SRR6046359
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Run ID: SRR6046359

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:15:19

Number of reads: 642005

Percentage reads mapped: 20.42

Strain: lineage4.7

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.7 Euro-American (mainly T) T1;T5 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7615 p.Leu105Pro missense_variant 0.18
mshA 576269 p.Ser308Pro missense_variant 0.13
rpoB 759732 c.-75C>A upstream_gene_variant 0.14
rpoB 761630 c.1824G>A synonymous_variant 0.12
rpoB 761693 c.1887G>A synonymous_variant 0.13
rpoB 762134 c.2328C>T synonymous_variant 0.13
rpoB 762143 c.2337T>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762149 c.2343G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762156 p.Val784Ile missense_variant 0.13
rpoB 762167 c.2361T>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762177 p.Arg791Thr missense_variant 0.14
rpoB 762181 p.Asp792Ala missense_variant 0.14
rpoB 762185 c.2379G>C synonymous_variant 0.14
rpoB 762194 c.2388G>C synonymous_variant 0.2
rpoB 762200 c.2394C>T synonymous_variant 0.2
rpoB 762218 c.2412T>C synonymous_variant 0.19
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.15
rpoB 762234 p.Pro810Ser missense_variant 0.15
rpoB 762239 c.2433G>A synonymous_variant 0.16
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.18
rpoB 762248 c.2442G>C synonymous_variant 0.18
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.17
rpoB 762781 p.Gly992Val missense_variant 0.17
rpoB 762858 p.Thr1018Ser missense_variant 0.17
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.17
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.19
rpoC 762926 c.-444C>G upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.2
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.12
rpoB 763119 p.Asn1105Asp missense_variant 0.13
rpoC 763127 c.-243G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763474 c.105C>T synonymous_variant 0.36
rpoC 763606 c.237C>A synonymous_variant 0.2
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763618 c.249C>T synonymous_variant 0.18
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.19
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763636 c.267T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763657 p.Glu96Asp missense_variant 0.15
rpoC 763660 c.291T>G synonymous_variant 0.15
rpoC 763675 c.306C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764491 c.1122G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764509 c.1140G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764548 c.1179G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.15
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.14
rpoC 764593 c.1224C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776210 p.Tyr757* stop_gained 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1407332 p.Asn3Lys missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472330 n.485G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472436 n.591G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472437 n.592T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472450 n.605A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472451 n.606C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472486 n.641A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474124 n.467G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474125 n.468C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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