TB-Profiler result

Run: ERR2886463
Summary

Run ID: ERR2886463

Sample name:

Date: 01-04-2023 00:02:04

Number of reads: 1704383

Percentage reads mapped: 79.41

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Sensitive

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 0.99
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.97
rpoC 766645 p.Glu1092Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472286 n.441_442insT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472292 n.447A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472293 n.449delG non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472297 n.453_454delGT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472302 n.457_458insCAACAGT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472307 n.462C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472308 n.464_466delCTC non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472313 n.469_470delAT non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472319 n.474C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472325 n.480G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472326 n.481T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472329 n.484A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472330 n.485G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472436 n.591G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472437 n.592T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472449 n.604C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472450 n.605A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472451 n.606C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472486 n.641A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472839 n.995_996delAG non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472843 n.998A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472846 n.1001C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472847 n.1002G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472848 n.1003T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472850 n.1005_1006insGC non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472868 n.1023T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472874 n.1029C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472875 n.1030_1031insTTAGTTGGTC non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474359 n.702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474363 n.706A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474365 n.708G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474384 n.727C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474405 n.749_767delTAGGGCGACCCACACGCGC non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474428 n.771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474429 n.773delC non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474436 n.781_785delAATAG non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474444 n.787G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474628 n.971C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474635 n.979_982delACCG non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474711 n.1054G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474713 n.1056T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474717 n.1060A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474721 n.1064G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474904 n.1247G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475995 n.2338G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475998 n.2341C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475999 n.2342G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476033 n.2376T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476036 n.2379A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476043 n.2386T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476058 n.2401T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476255 n.2598A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476268 n.2611A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476275 n.2618T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476290 n.2636_2637insCATGGC non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476295 n.2639_2644delCCCCGA non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476306 n.2649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476311 n.2654G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476312 n.2655T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476534 n.2878_2879delGG non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476594 n.2937C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170711 c.-99T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0