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Run: ERR4818831
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Run ID: ERR4818831

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:46:41

Number of reads: 2534295

Percentage reads mapped: 85.95

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6784 p.Asp515Glu missense_variant 0.14
gyrA 6793 c.-509T>C upstream_gene_variant 0.14
gyrA 6796 c.-506C>T upstream_gene_variant 0.14
gyrB 6798 p.Gly520Glu missense_variant 0.14
gyrA 6808 c.-494C>T upstream_gene_variant 0.16
gyrB 6812 p.His525Asn missense_variant 0.15
gyrA 6835 c.-467C>T upstream_gene_variant 0.15
gyrA 6841 c.-461T>C upstream_gene_variant 0.14
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762053 c.2247T>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762083 c.2277T>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762084 p.Ala760Pro missense_variant 0.11
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762905 p.Asp1033Glu missense_variant 0.12
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762926 c.-444C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762932 c.-438G>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762938 c.-432G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762971 c.-399G>A upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 0.17
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 0.15
rpoC 763013 c.-357C>A upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763022 c.-348C>A upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.88
rpoC 763052 c.-318G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1471925 n.80_81insGCAGCTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1471928 n.83T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1471930 n.88_89delGA non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1471978 n.133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1471996 n.151C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472278 n.433C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472279 n.434T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472286 n.441C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472297 n.453_461delGTCCGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472309 n.464C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472311 n.466C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472312 n.468_470delGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472328 n.483G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472330 n.485G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472685 n.840G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472686 n.841G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472841 n.996G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472844 n.999_1000insAG non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472847 n.1004_1005delCT non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472974 n.1129A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472977 n.1133dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473099 n.1254T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473285 n.1442_1443delCC non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473293 n.1448G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1473697 n.40C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473698 n.41G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473699 n.42A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473718 n.61G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473719 n.62G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473728 n.71A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473731 n.74T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473743 n.86C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473750 n.93C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473839 n.182_183insC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473877 n.220G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1473884 n.227C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1473889 n.232G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1473896 n.239C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1473899 n.242A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1473911 n.254G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1473918 n.261C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1473922 n.265A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1473923 n.266C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1473935 n.278C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473936 n.279A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473937 n.280C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473943 n.286G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473945 n.288T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473946 n.289A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473950 n.293G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474311 n.654_655insT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474498 n.841G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
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rrl 1474507 n.850G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
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rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475176 n.1519G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475514 n.1857G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475522 n.1865A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475525 n.1868G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475531 n.1874C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475542 n.1885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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