Run ID: SRR18003007
Sample name:
Date: 03-04-2023 19:13:27
Number of reads: 4159650
Percentage reads mapped: 83.45
Strain: lineage4.5
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.5 | Euro-American | H;T | RD122 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761155 | p.Ser450Leu | missense_variant | 0.98 | rifampicin |
rpsL | 781687 | p.Lys43Arg | missense_variant | 1.0 | streptomycin |
rrs | 1472644 | n.799C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 | streptomycin |
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 | streptomycin |
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
pncA | 2289252 | c.-11A>G | upstream_gene_variant | 1.0 | pyrazinamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7567 | p.Asp89Gly | missense_variant | 0.39 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7892 | c.591G>A | synonymous_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
mshA | 576108 | p.Ala254Gly | missense_variant | 0.3 |
ccsA | 620029 | c.139C>T | synonymous_variant | 1.0 |
ccsA | 620566 | p.Asp226Asn | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 759940 | p.Pro45Leu | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472108 | n.263C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
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