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Run: SRR6982141
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Run ID: SRR6982141

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:28:35

Number of reads: 647313

Percentage reads mapped: 66.85

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761196 p.Leu464Met missense_variant 0.12 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 619854 c.-36delG upstream_gene_variant 0.11
rpoB 760982 c.1176G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 760985 c.1179G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761015 c.1209G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761021 c.1215G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761024 c.1218C>T synonymous_variant 0.12
rpoB 761027 c.1221A>G synonymous_variant 0.12
rpoB 761036 c.1230G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761037 c.1231T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761051 c.1245G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761054 c.1248G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761057 c.1251G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761060 c.1254C>G synonymous_variant 0.13
rpoB 761063 c.1257C>A synonymous_variant 0.13
rpoB 761066 c.1260G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761084 c.1278C>A synonymous_variant 0.12
rpoB 761088 c.1282_1283delAGinsTC synonymous_variant 0.12
rpoB 761097 c.1291_1292delAGinsTC synonymous_variant 0.12
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.12
rpoB 761126 c.1320G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761132 c.1326G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761150 c.1344A>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761159 c.1353G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761162 c.1356G>T synonymous_variant 0.12
rpoB 761165 c.1359G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761171 c.1365C>T synonymous_variant 0.12
rpoB 761180 c.1374A>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761186 p.Glu460Asp missense_variant 0.12
rpoB 761189 c.1383T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761195 c.1389G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761201 c.1395G>A synonymous_variant 0.12
rpoB 761207 c.1401C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 763043 c.-327G>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 763052 c.-318G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763053 c.-317_-315delTTGinsCTC upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763094 c.-276G>C upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763100 c.-270G>A upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763492 c.123G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763507 c.138G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763528 c.159G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764359 c.990C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764365 c.996C>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764371 c.1002G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764377 c.1008C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764380 c.1011G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764387 c.1018_1020delTTGinsCTC synonymous_variant 0.11
rpoC 764405 c.1036_1038delAGGinsCGC synonymous_variant 0.1
rpoC 764428 c.1059G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764431 c.1062G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764434 c.1065A>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764435 c.1066_1068delAGGinsCGC synonymous_variant 0.11
rpoC 764441 p.Ile358Leu missense_variant 0.11
rpoC 764461 c.1092A>G synonymous_variant 0.17
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764491 c.1122G>T synonymous_variant 0.18
rpoC 764498 p.Ser377Ala missense_variant 0.18
rpoC 764503 c.1134G>T synonymous_variant 0.18
rpoC 764507 p.Ala380Ser missense_variant 0.18
rpoC 764512 c.1143G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.19
rpoC 764536 c.1167G>T synonymous_variant 0.18
rpoC 764545 c.1176C>G synonymous_variant 0.16
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764572 c.1203G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.1
rpoC 764577 p.Ser403Cys missense_variant 0.1
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764644 c.1275G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764695 c.1326T>G synonymous_variant 0.18
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.17
rpoC 764713 c.1344G>A synonymous_variant 0.22
rpoC 764722 c.1353G>C synonymous_variant 0.24
rpoC 764746 c.1377G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 764752 c.1383G>T synonymous_variant 0.22
rpoC 764758 c.1389C>T synonymous_variant 0.21
rpoC 764764 c.1395T>C synonymous_variant 0.23
rpoC 764767 c.1398G>A synonymous_variant 0.23
rpoC 764780 c.1411_1413delAGCinsTCG synonymous_variant 0.21
rpoC 764803 c.1434C>T synonymous_variant 0.22
rpoC 764804 p.Gln479Tyr missense_variant 0.22
rpoC 764809 c.1440C>T synonymous_variant 0.22
rpoC 764815 c.1446A>G synonymous_variant 0.23
rpoC 764818 c.1449G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 764824 c.1455T>C synonymous_variant 0.22
rpoC 764837 p.Val490Ile missense_variant 0.23
rpoC 764843 p.Ala492Thr missense_variant 0.24
rpoC 764848 c.1479G>A synonymous_variant 0.22
rpoC 764858 c.1489T>C synonymous_variant 0.19
rpoC 764863 c.1494G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764869 c.1500C>T synonymous_variant 0.21
rpoC 764875 c.1506C>T synonymous_variant 0.21
rpoC 764887 c.1518G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764888 c.1519T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471878 n.33C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1471922 n.77G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1471925 n.80T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1471931 n.86G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1471932 n.87A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1471967 n.122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1471970 n.125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1471972 n.127T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1471980 n.135G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1471981 n.136C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472023 n.178G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472053 n.211_212delGC non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472061 n.216A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472063 n.218C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472067 n.222G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472069 n.224G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472076 n.231G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472287 n.442C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472437 n.592T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472446 n.601T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472456 n.611T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472465 n.620G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472495 n.650C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472582 n.737G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472837 n.992C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472854 n.1009G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472858 n.1013G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472861 n.1016G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472878 n.1033G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1473813 n.156C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473815 n.158T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473821 n.164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473823 n.166T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1473871 n.214T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473899 n.242A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473922 n.265A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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