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Run: SRR7131149
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Run ID: SRR7131149

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:46:52

Number of reads: 7756472

Percentage reads mapped: 99.99

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrB 6735 p.Asn499Thr missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781821 p.Lys88Gln missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155167 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289038 p.Trp68* stop_gained 1.0 pyrazinamide
embB 4247429 p.Met306Val missense_variant 1.0 ethambutol
embB 4247729 p.Gly406Cys missense_variant 1.0 ethambutol
ethA 4326969 c.504delC frameshift_variant 1.0 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoB 759955 p.Val50Gly missense_variant 1.0
rpoC 765713 p.Thr782Ala missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472674 n.829T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474674 n.1017A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474675 n.1018C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475129 n.1472G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475137 n.1480A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475515 n.1858G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475531 n.1874C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475538 n.1881T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475760 n.2103C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
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rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
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rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
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rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
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