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Run: SRR19303899
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Run ID: SRR19303899

Sample name:

Date: 03-04-2023 21:12:30

Number of reads: 4624570

Percentage reads mapped: 90.13

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.23
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474124 n.467G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474125 n.468C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474284 n.631_633delCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474674 n.1017A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474675 n.1018C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1475129 n.1472G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475760 n.2103C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
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rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476032 n.2375C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476034 n.2377C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476040 n.2383C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476045 n.2388G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476047 n.2390G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476110 n.2453G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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