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Run: ERR10796571
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Run ID: ERR10796571

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:11:44

Number of reads: 173148

Percentage reads mapped: 99.51

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762234 p.Pro810Arg missense_variant 1.0
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762248 c.2442G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763576 c.207C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763597 c.228G>A synonymous_variant 1.0
rpoC 763609 c.240C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 1.0
rpoC 763627 p.Lys86Asn missense_variant 1.0
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763636 c.267T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764536 c.1167G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764548 c.1179G>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764573 p.Leu402Ile missense_variant 1.0
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 1.0
rpoC 764611 c.1242G>C synonymous_variant 1.0
rrs 1471853 n.8T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471866 n.21C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1471922 n.78delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471925 n.80T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471928 n.83T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471996 n.151C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472080 n.235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472330 n.485G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472844 n.999C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472849 n.1004C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472863 n.1018T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472866 n.1021C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472869 n.1024G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472875 n.1030T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.41
rrl 1474112 n.455T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474124 n.467G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474125 n.468C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474359 n.702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474363 n.706A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474365 n.708G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474384 n.727C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474439 n.782A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474444 n.787G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474628 n.971C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474635 n.979_982delACCG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474928 n.1271C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474934 n.1277C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474946 n.1289C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474948 n.1291C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475031 n.1374G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475129 n.1472G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475137 n.1480A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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