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Run: SRR18002935
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Run ID: SRR18002935

Sample name:

Date: 03-04-2023 19:10:21

Number of reads: 3198604

Percentage reads mapped: 80.62

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7582 p.Asp94Gly missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.99 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32 streptomycin
rrs 1473246 n.1401A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
thyA 3074249 p.His75Asn missense_variant 1.0 para-aminosalicylic_acid
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
embB 4249583 p.Asp1024Asn missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.23
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764660 p.Val431Met missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471718 n.-128G>A upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472436 n.591G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472437 n.592T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472449 n.604C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472450 n.605A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472451 n.606C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1473509 n.-149A>G upstream_gene_variant 0.1
rrl 1474124 n.467G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474125 n.468C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474674 n.1017A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474675 n.1018C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474750 n.1093C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
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