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Run: SRR6045603
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Run ID: SRR6045603

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:02:13

Number of reads: 392550

Percentage reads mapped: 14.69

Strain: lineage4.1.1.3

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 0.2 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9226 p.Ser642Phe missense_variant 0.25
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491027 p.Asn82Thr missense_variant 0.19
rpoB 761032 p.Gln409Arg missense_variant 0.2
rpoB 761088 c.1282_1283delAGinsTC synonymous_variant 0.2
rpoB 761096 c.1290G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761097 c.1291_1292delAGinsTC synonymous_variant 0.15
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.21
rpoB 761132 c.1326G>C synonymous_variant 0.14
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.2
rpoB 761159 c.1353G>C synonymous_variant 0.2
rpoB 761165 c.1359G>C synonymous_variant 0.2
rpoB 761579 c.1773G>C synonymous_variant 0.14
rpoB 761600 c.1794T>C synonymous_variant 0.14
rpoB 761612 c.1806G>C synonymous_variant 0.14
rpoB 761615 c.1809A>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762053 c.2247T>C synonymous_variant 0.18
rpoB 762127 p.Val774Ala missense_variant 0.12
rpoB 762134 c.2328C>T synonymous_variant 0.12
rpoB 762855 p.Val1017Ile missense_variant 0.27
rpoB 762858 p.Thr1018Ser missense_variant 0.27
rpoC 762863 c.-507T>G upstream_gene_variant 0.27
rpoB 762871 p.Met1022Thr missense_variant 0.3
rpoB 762878 p.Ile1024Met missense_variant 0.27
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.27
rpoC 762887 c.-483G>C upstream_gene_variant 0.27
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.27
rpoC 762926 c.-444C>G upstream_gene_variant 0.23
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.25
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.32
rpoC 762980 c.-390T>C upstream_gene_variant 0.29
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.29
rpoC 762995 c.-375G>C upstream_gene_variant 0.23
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 0.23
rpoB 763014 p.Met1070Leu missense_variant 0.23
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 0.23
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.25
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.25
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 0.21
rpoC 763043 c.-327G>C upstream_gene_variant 0.25
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.23
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.27
rpoC 763456 c.87A>G synonymous_variant 0.17
rpoC 763468 c.99G>C synonymous_variant 0.23
rpoC 763483 c.114G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763486 c.117T>C synonymous_variant 0.21
rpoC 763528 c.159G>A synonymous_variant 0.15
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.29
rpoC 763550 p.Tyr61Ala missense_variant 0.15
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.17
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.15
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.17
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.17
rpoC 763772 p.Val135Met missense_variant 0.19
rpoC 764536 c.1167G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 764543 p.Thr392Ala missense_variant 0.2
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.29
rpoC 764573 p.Leu402Ile missense_variant 0.2
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.25
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.19
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.24
rpoC 764593 c.1224C>T synonymous_variant 0.2
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.24
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.3
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.3
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.2
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.21
rpoC 764644 c.1275G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.38
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.4
rpoC 764656 c.1287C>G synonymous_variant 0.29
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764665 c.1296C>T synonymous_variant 0.16
rpoC 764668 c.1299C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.26
rpoC 764701 c.1332C>G synonymous_variant 0.19
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.32
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.24
rpoC 764737 c.1368G>C synonymous_variant 0.26
rpoC 764746 c.1377G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 764758 c.1389C>G synonymous_variant 0.18
rpoC 764762 p.His465Tyr missense_variant 0.2
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 766050 p.Glu894Gly missense_variant 0.15
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777271 p.Gly404Ser missense_variant 0.2
mmpL5 778440 p.Pro14Gln missense_variant 0.13
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781851 p.Ile98Val missense_variant 0.11
rplC 800668 c.-141_-140delCGinsGC upstream_gene_variant 0.12
rplC 800672 c.-137G>C upstream_gene_variant 0.12
rplC 800693 c.-116A>G upstream_gene_variant 0.12
rplC 800715 c.-94A>G upstream_gene_variant 0.12
rplC 800720 c.-89T>C upstream_gene_variant 0.12
rplC 800723 c.-86C>G upstream_gene_variant 0.12
rplC 800733 c.-76A>G upstream_gene_variant 0.11
rplC 800738 c.-71T>C upstream_gene_variant 0.12
fbiC 1302797 c.-134C>A upstream_gene_variant 0.2
fbiC 1302864 c.-67A>G upstream_gene_variant 0.12
fbiC 1304987 p.Pro686Leu missense_variant 0.2
embR 1416839 p.Lys170Arg missense_variant 0.17
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472484 n.639A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472974 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472977 n.1132G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
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