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Run: DRR188816
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Run ID: DRR188816

Sample name:

Date: 31-03-2023 07:41:07

Number of reads: 1566966

Percentage reads mapped: 80.23

Strain: lineage4.2.2

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 1.0
lineage4.2.2 Euro-American (Ural) T;LAM7-TUR None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 7121 p.Pro628Ala missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576077 c.730C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 0.99
fbiC 1305494 c.2565_*55delGGCCTAGCCCCGGCGACGATGCCGGGTCGCGGGATGCGGCCCGTTGAGGAGCGGGGCAATCT frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 0.55
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472286 n.441_442insT non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472292 n.447A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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rrs 1472297 n.453_454delGT non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472302 n.457_458insCAACTGT non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472307 n.462C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472308 n.464_466delCTC non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472313 n.469_470delAT non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472319 n.474C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472325 n.480G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472326 n.481T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472329 n.484A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472330 n.485G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472436 n.591G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472437 n.592T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrs 1472450 n.605A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472451 n.606C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472486 n.641A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
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rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
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rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472839 n.995_996delAG non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472843 n.998A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472846 n.1001C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472847 n.1002G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472848 n.1003T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472850 n.1005_1006insGC non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472868 n.1023T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472874 n.1029C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472875 n.1030_1031insTTAGTTGGTC non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
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rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
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rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1474365 n.708G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474384 n.727C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474429 n.773delC non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrl 1474713 n.1056T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474717 n.1060A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474721 n.1064G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
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rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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rrl 1476058 n.2401T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476255 n.2598A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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