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Run: ERR10796599
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Run ID: ERR10796599

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Date: 31-03-2023 11:12:16

Number of reads: 909582

Percentage reads mapped: 99.97

Strain: lineage4

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5081 c.-159G>A upstream_gene_variant 0.29
gyrB 5741 p.Gly168Trp missense_variant 0.15
gyrB 7215 p.Arg659Pro missense_variant 0.15
gyrA 7275 c.-27C>T upstream_gene_variant 0.18
gyrA 7296 c.-6G>T upstream_gene_variant 0.25
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 8408 p.Gln369His missense_variant 0.17
fgd1 490636 c.-147G>A upstream_gene_variant 0.17
ccsA 620406 c.516G>T synonymous_variant 0.67
rpoB 760086 p.Ser94Pro missense_variant 0.11
rpoB 760656 p.Glu284Lys missense_variant 0.17
rpoB 760794 p.Glu330Lys missense_variant 0.4
rpoB 760840 p.Gly345Val missense_variant 0.17
rpoB 761206 p.Arg467His missense_variant 0.17
rpoB 761428 p.Pro541Arg missense_variant 0.14
rpoB 761525 p.Met573Ile missense_variant 0.22
rpoB 762158 c.2352G>C synonymous_variant 0.15
rpoB 762251 c.2445G>A synonymous_variant 0.17
rpoC 764188 c.819A>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764365 c.996C>G synonymous_variant 0.33
rpoC 764768 p.Gln467* stop_gained 0.21
rpoC 765216 p.Ala616Gly missense_variant 0.2
rpoC 767266 c.3897G>A synonymous_variant 0.2
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775679 c.2802A>G synonymous_variant 0.33
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781922 p.Lys121Asn missense_variant 0.18
fbiC 1302953 p.Lys8Arg missense_variant 0.12
fbiC 1303588 p.Arg220* stop_gained 0.15
fbiC 1304999 p.Trp690* stop_gained 0.17
Rv1258c 1407057 p.Gly95Val missense_variant 0.29
embR 1416949 c.399A>G synonymous_variant 0.18
embR 1417288 c.60G>A synonymous_variant 0.18
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472083 n.238G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472096 n.251T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472100 n.255T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472118 n.273A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472141 n.296G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472284 n.439C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472427 n.582T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472517 n.672T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472524 n.679G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472535 n.690C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472545 n.700A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472664 n.819A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472666 n.821G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472694 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472697 n.852T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472707 n.862A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472875 n.1030T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.29
rrl 1473441 n.-217T>C upstream_gene_variant 0.25
rrl 1473645 n.-13G>T upstream_gene_variant 0.15
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474285 n.630_631delTC non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474794 n.1137C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
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