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Run: ERR9992784
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Run ID: ERR9992784

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Date: 02-04-2023 13:49:13

Number of reads: 3086396

Percentage reads mapped: 67.8

Strain: lineage2.2.2

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD105/RD207 RD105;RD207 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7582 p.Asp94Gly missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472359 n.514A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64 streptomycin
rrs 1473246 n.1401A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289202 p.Cys14Arg missense_variant 1.0 pyrazinamide
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
ethA 4326333 p.Ala381Pro missense_variant 1.0 ethionamide
gid 4407967 p.Leu79Ser missense_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.27
rpoB 760953 p.Ile383Val missense_variant 0.1
rpoB 760965 p.Met387Leu missense_variant 0.11
rpoB 760968 p.Ser388Ala missense_variant 0.11
rpoB 760973 c.1167G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761015 c.1209G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761027 c.1221A>G synonymous_variant 0.11
rpoB 761037 c.1231T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763504 c.135C>G synonymous_variant 0.1
rpoC 763528 c.159G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.14
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763573 c.204G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763576 c.207C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 763594 c.225C>T synonymous_variant 0.14
rpoC 763633 c.264T>G synonymous_variant 0.16
rpoC 763660 c.291T>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764498 p.Ser377Ala missense_variant 0.11
rpoC 764539 c.1170C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.15
rpoC 764611 c.1242G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 764623 c.1254C>G synonymous_variant 0.2
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764644 c.1275G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.19
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764695 c.1326T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.18
rpoC 764737 c.1368G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764749 c.1380G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764752 c.1383G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764758 c.1389C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764764 c.1395T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764780 c.1411_1412delAGinsTC synonymous_variant 0.12
rpoC 764791 c.1422C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764797 c.1428G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764817 p.Val483Gly missense_variant 0.92
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpR5 779125 p.Cys46Arg missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472133 n.288G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472436 n.591G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472437 n.592T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472446 n.601T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472460 n.615T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472466 n.621C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472467 n.622G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472492 n.648_651delTACT non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472498 n.656_657insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472507 n.662C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472517 n.672T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472545 n.700A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472571 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472582 n.737G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472583 n.738T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472686 n.841G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473062 n.1217T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473065 n.1220C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474483 n.826C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474558 n.901G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.42
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rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
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rrl 1475599 n.1942A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrl 1475735 n.2078T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475740 n.2083G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475769 n.2112_2113insC non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475782 n.2125T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475788 n.2131C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
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