Run ID: ERR9992784
Sample name:
Date: 02-04-2023 13:49:13
Number of reads: 3086396
Percentage reads mapped: 67.8
Strain: lineage2.2.2
Drug-resistance: Pre-XDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage2 | East-Asian | Beijing | RD105 | 1.0 |
lineage2.2 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD207 | RD105;RD207 | 1.0 |
lineage2.2.2 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD105/RD207 | RD105;RD207 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
gyrA | 7582 | p.Asp94Gly | missense_variant | 1.0 | ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin |
rpoB | 761155 | p.Ser450Leu | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
rrs | 1472359 | n.514A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 | streptomycin |
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fabG1 | 1673425 | c.-15C>T | upstream_gene_variant | 1.0 | isoniazid, ethionamide |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
pncA | 2289202 | p.Cys14Arg | missense_variant | 1.0 | pyrazinamide |
embB | 4247431 | p.Met306Ile | missense_variant | 1.0 | ethambutol |
ethA | 4326333 | p.Ala381Pro | missense_variant | 1.0 | ethionamide |
gid | 4407967 | p.Leu79Ser | missense_variant | 1.0 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
mshA | 576108 | p.Ala254Gly | missense_variant | 0.27 |
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rpoB | 760965 | p.Met387Leu | missense_variant | 0.11 |
rpoB | 760968 | p.Ser388Ala | missense_variant | 0.11 |
rpoB | 760973 | c.1167G>C | synonymous_variant | 0.11 |
rpoB | 761015 | c.1209G>C | synonymous_variant | 0.12 |
rpoB | 761027 | c.1221A>G | synonymous_variant | 0.11 |
rpoB | 761037 | c.1231T>C | synonymous_variant | 0.11 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
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rpoC | 763528 | c.159G>C | synonymous_variant | 0.12 |
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rpoC | 763594 | c.225C>T | synonymous_variant | 0.14 |
rpoC | 763633 | c.264T>G | synonymous_variant | 0.16 |
rpoC | 763660 | c.291T>G | synonymous_variant | 0.11 |
rpoC | 764498 | p.Ser377Ala | missense_variant | 0.11 |
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rpoC | 764566 | c.1197C>G | synonymous_variant | 0.11 |
rpoC | 764575 | c.1206T>G | synonymous_variant | 0.12 |
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rpoC | 764582 | p.Leu405Met | missense_variant | 0.15 |
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rpoC | 764706 | p.Leu446Gln | missense_variant | 0.18 |
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rpoC | 764817 | p.Val483Gly | missense_variant | 0.92 |
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mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
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