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Run: SRR18003013
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Run ID: SRR18003013

Sample name:

Date: 03-04-2023 19:13:59

Number of reads: 1132821

Percentage reads mapped: 25.74

Strain: lineage4.4.2

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.2 Euro-American T1;T2 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7570 p.Ala90Val missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 0.11 rifampicin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.96 rifampicin
rpsL 781822 p.Lys88Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
pncA 2289120 c.121delT frameshift_variant 0.93 pyrazinamide
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
ethA 4327451 c.22delG frameshift_variant 0.95 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8575 p.Leu425His missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.3
rpoB 760997 c.1191G>C synonymous_variant 0.1
rpoB 761015 c.1209G>T synonymous_variant 0.14
rpoB 761021 c.1215G>T synonymous_variant 0.12
rpoB 761027 c.1221A>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761034 p.Thr410Ser missense_variant 0.12
rpoB 761037 c.1231T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761040 p.Ile412Val missense_variant 0.12
rpoB 761051 c.1245G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761054 c.1248G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761057 c.1251G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761060 c.1254C>G synonymous_variant 0.12
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.14
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.11
rpoC 762980 c.-390T>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.15
rpoC 764921 p.Glu518Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775922 c.2559G>A synonymous_variant 0.12
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
atpE 1460878 c.-167C>A upstream_gene_variant 0.11
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472063 n.218C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472095 n.250G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.1
rrl 1473825 n.168T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474076 n.419C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474124 n.467G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474125 n.468C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474207 n.550C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474284 n.631_633delCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474425 n.768A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474427 n.770A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474428 n.771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474674 n.1017A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474675 n.1018C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474940 n.1283C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474948 n.1291C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475492 n.1835C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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