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Run: ERR10796560
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Run ID: ERR10796560

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:11:29

Number of reads: 437543

Percentage reads mapped: 99.99

Strain: lineage4.9;lineage4.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 0.06
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.98
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761114 c.1312_1314delAAC conservative_inframe_deletion 0.4 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155228 p.Gln295Pro missense_variant 1.0 isoniazid
ahpC 2726112 c.-81C>T upstream_gene_variant 0.67 isoniazid
ahpC 2726145 c.-48G>A upstream_gene_variant 0.5 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5769 p.Pro177Leu missense_variant 0.67
gyrB 6582 p.Thr448Arg missense_variant 0.4
rpoB 760353 p.Glu183Lys missense_variant 0.67
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.75
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.77
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 0.77
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.91
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.91
rpoC 762932 c.-438G>T upstream_gene_variant 0.77
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.77
rpoC 762956 c.-414G>C upstream_gene_variant 0.82
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.88
rpoC 762971 c.-399G>T upstream_gene_variant 0.83
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762992 c.-378C>T upstream_gene_variant 0.67
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
fbiC 1305238 p.His770Asn missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471843 n.-2_1delGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1471850 n.5G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1471851 n.6T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471925 n.80T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1471927 n.82T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1471928 n.83T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1471936 n.91A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1471996 n.151C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472080 n.235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472333 n.488G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472841 n.996G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472846 n.1001C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472866 n.1023dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1473392 n.-266C>A upstream_gene_variant 0.89
rrl 1474124 n.467G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474125 n.468C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474444 n.787G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474945 n.1288C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475137 n.1480A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475202 n.1545G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475213 n.1556C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475649 n.1992A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475655 n.1998T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475657 n.2000A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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