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Run: ERR4817554
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Run ID: ERR4817554

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:03:42

Number of reads: 1714286

Percentage reads mapped: 74.82

Strain: lineage1.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 0.99
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.1 Indo-Oceanic EAI4;EAI5 RD239 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 0.99
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761558 c.1752C>T synonymous_variant 0.14
rpoB 761564 c.1758G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761573 c.1767C>G synonymous_variant 0.14
rpoB 761948 c.2142G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761954 c.2148C>G synonymous_variant 0.12
rpoB 762251 c.2445G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762905 p.Asp1033Glu missense_variant 0.17
rpoC 762920 c.-450C>G upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762938 c.-432G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762959 c.-411G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.21
rpoC 762971 c.-399G>A upstream_gene_variant 0.17
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.17
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 0.18
rpoC 763004 c.-366G>A upstream_gene_variant 0.17
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 0.17
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.21
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763040 c.-330C>G upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763049 c.-321G>A upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763052 c.-318G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.16
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.17
rpoB 763074 p.Thr1090Val missense_variant 0.17
rpoC 763082 c.-288C>A upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763085 c.-285C>T upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763109 c.-261C>G upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763660 c.291T>G synonymous_variant 0.14
rpoC 763696 c.327T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 764297 p.Met310Leu missense_variant 0.13
rpoC 764308 c.939G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764317 c.948C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764320 c.951C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764539 c.1170C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764611 c.1242G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764656 c.1287C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764665 c.1296C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764668 c.1299C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764695 c.1326T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764701 c.1332C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
rpoC 766411 c.3042C>G synonymous_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406294 c.1047C>T synonymous_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471922 n.78delT non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1471925 n.80T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1471928 n.83T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1471936 n.91A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1471979 n.134T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1471980 n.135G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1471981 n.136C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472017 n.172C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472033 n.188A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472036 n.191C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472038 n.193T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472041 n.196C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472042 n.197T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472067 n.222G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472068 n.223T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472278 n.433C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472279 n.434T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472325 n.480G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472326 n.481T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472328 n.483G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472426 n.581T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472436 n.591G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472446 n.601T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472466 n.621C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472467 n.622G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472468 n.623T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472474 n.629C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472484 n.639_640insT non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472489 n.644A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472840 n.995A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472844 n.999C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472848 n.1003T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472859 n.1014G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472860 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472866 n.1023dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472974 n.1129A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472977 n.1133dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473081 n.1236C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473082 n.1237G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473112 n.1267A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473120 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473122 n.1277T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473129 n.1284C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473130 n.1285G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
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rrl 1474174 n.517A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474186 n.530_531dupTG non_coding_transcript_exon_variant 0.74
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rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.76
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rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474928 n.1271C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475009 n.1352G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475016 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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