Run ID: ERR10796593
Sample name:
Date: 31-03-2023 11:12:08
Number of reads: 1727003
Percentage reads mapped: 99.98
Strain: lineage4
Drug-resistance: RR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 0.99 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
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pncA | 2288954 | p.Lys96Asn | missense_variant | 0.33 | pyrazinamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7458 | p.Arg53Cys | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7881 | p.Leu194Met | missense_variant | 0.5 |
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gyrA | 8667 | p.Ala456Thr | missense_variant | 0.33 |
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gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
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fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 0.5 |
ccsA | 620653 | p.Trp255Arg | missense_variant | 0.67 |
rpoB | 761017 | p.Glu404Val | missense_variant | 0.67 |
rpoB | 762360 | p.Glu852* | stop_gained | 0.4 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 0.75 |
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mmpL5 | 776583 | p.Gln633Arg | missense_variant | 0.22 |
mmpL5 | 776903 | c.1578C>T | synonymous_variant | 0.4 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
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