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Run: ERR10796593
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Run ID: ERR10796593

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:12:08

Number of reads: 1727003

Percentage reads mapped: 99.98

Strain: lineage4

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 762089 p.Glu761Asp missense_variant 0.4 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
pncA 2288954 p.Lys96Asn missense_variant 0.33 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7458 p.Arg53Cys missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7881 p.Leu194Met missense_variant 0.5
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 8667 p.Ala456Thr missense_variant 0.33
gyrA 9117 p.Glu606* stop_gained 0.29
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491019 c.237C>T synonymous_variant 0.67
fgd1 491030 p.Pro83Leu missense_variant 0.67
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 0.5
ccsA 620653 p.Trp255Arg missense_variant 0.67
rpoB 761017 p.Glu404Val missense_variant 0.67
rpoB 762360 p.Glu852* stop_gained 0.4
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 0.75
rpoC 766704 p.Met1112Thr missense_variant 0.4
mmpL5 776583 p.Gln633Arg missense_variant 0.22
mmpL5 776903 c.1578C>T synonymous_variant 0.4
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781698 p.Ser47Thr missense_variant 0.17
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471777 n.-69C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471853 n.8T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472083 n.238G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472161 n.316T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472180 n.335A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472181 n.336G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472284 n.439C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474284 n.627G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474444 n.787G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
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rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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