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Run: SRR3675245
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Run ID: SRR3675245

Sample name:

Date: 04-04-2023 05:24:07

Number of reads: 3322772

Percentage reads mapped: 40.02

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472307 n.462C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 0.99
fbiC 1305494 c.2565_*55delGGCCTAGCCCCGGCGACGATGCCGGGTCGCGGGATGCGGCCCGTTGAGGAGCGGGGCAATCT frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 0.26
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472027 n.184_188delCGGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472037 n.192A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472038 n.193_194insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472041 n.196C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472042 n.197_198insG non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472053 n.211_212delGC non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472057 n.212C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472061 n.216A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472062 n.217G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472069 n.224G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472138 n.293C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472147 n.302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472278 n.433C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472279 n.434T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472296 n.454_458delTCCGG non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472303 n.458G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472431 n.586G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472840 n.995A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472843 n.998_999insT non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472846 n.1002delG non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472849 n.1004C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472855 n.1011_1012insGT non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474143 n.486T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474293 n.637_650delCCTCTCCGGAGGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474309 n.652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474311 n.654_655insT non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475759 n.2102C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475760 n.2103C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475769 n.2112_2113insC non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475877 n.2220C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475878 n.2221T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475879 n.2222T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476188 n.2531C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476213 n.2556G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476234 n.2577G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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