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Run: ERR9117827
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Run ID: ERR9117827

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Date: 02-04-2023 09:32:44

Number of reads: 2770099

Percentage reads mapped: 57.12

Strain: lineage1.2.2.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.2.2 Indo-Oceanic EAI1 RD239 1.0
lineage1.2.2.2 Indo-Oceanic NA RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5075 c.-165C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7268 c.-34C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7829 c.528C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 760961 c.1155C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
embR 1417173 c.172_174dupGCC conservative_inframe_insertion 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472330 n.485G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472380 n.535G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472426 n.581T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473008 n.1164delT non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1473822 n.165A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473832 n.175C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473833 n.176G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473836 n.179A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474307 n.650G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474372 n.717_720dupTGTG non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
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