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Run: SRR18911231
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Run ID: SRR18911231

Sample name:

Date: 03-04-2023 20:41:42

Number of reads: 1954318

Percentage reads mapped: 79.77

Strain: lineage4.1.1.3

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 762926 c.-444C>G upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.16
rpoC 762980 c.-390T>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762995 c.-375G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 0.11
rpoB 763014 p.Met1070Leu missense_variant 0.1
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 0.1
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.11
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 0.11
rpoC 763043 c.-327G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763067 c.-303C>G upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763076 c.-294C>T upstream_gene_variant 0.13
rpoB 763077 p.Val1091Thr missense_variant 0.12
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472286 n.441_442insT non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472292 n.447A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472293 n.449delG non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472297 n.453_454delGT non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472302 n.457_458insCAACTTTA non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472307 n.462C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472308 n.464_466delCTC non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472313 n.469_470delAT non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472319 n.474C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
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rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
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rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
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rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrs 1472841 n.996_997insC non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472846 n.1002delG non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472849 n.1004C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472868 n.1023T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472874 n.1029C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472875 n.1030_1031insTTAGTTGGTC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
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rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
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rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
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rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
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rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
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rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
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