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Run: SRR6045516
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Run ID: SRR6045516

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:00:30

Number of reads: 663104

Percentage reads mapped: 26.0

Strain: lineage3.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 0.97
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.1 East-African-Indian CAS1-Kili RD750 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7932 p.Asp211Tyr missense_variant 0.13
gyrA 8414 c.1113C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762980 c.-390T>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 762995 c.-375G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 0.12
rpoB 763014 p.Met1070Leu missense_variant 0.12
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 0.17
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 0.12
rpoC 763043 c.-327G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763584 p.Gly72Val missense_variant 0.13
rpoC 763594 c.225C>T synonymous_variant 0.14
rpoC 763603 c.234C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 763660 c.291T>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764491 c.1122G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764509 c.1140G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764560 c.1191T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.12
rpoC 764611 c.1242G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764623 c.1254C>G synonymous_variant 0.17
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777145 p.Glu446* stop_gained 0.12
mmpL5 777177 p.Glu435Ala missense_variant 0.15
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1407230 c.111C>T synonymous_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 0.95
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473282 n.1436_1437insT non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473317 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.12
rrl 1473620 n.-38C>T upstream_gene_variant 0.33
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474282 n.625G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474381 n.724T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
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