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Run: SRR9971046
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Run ID: SRR9971046

Sample name:

Date: 04-04-2023 23:08:19

Number of reads: 4677705

Percentage reads mapped: 84.36

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289067 p.Ser59Pro missense_variant 1.0 pyrazinamide
embB 4247429 p.Met306Val missense_variant 1.0 ethambutol
ethA 4327080 p.Glu132* stop_gained 1.0 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6815 p.Lys526Gln missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.28
rpoC 763507 c.138G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763528 c.159G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763537 c.168C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.16
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 763618 c.249C>G synonymous_variant 0.2
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.19
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763669 c.300C>G synonymous_variant 0.17
rpoC 763675 c.306C>G synonymous_variant 0.16
rpoC 763686 p.Tyr106Phe missense_variant 0.15
rpoC 763696 c.327T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763711 c.342G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764461 c.1092A>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764491 c.1122G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.18
rpoC 764498 p.Ser377Ala missense_variant 0.18
rpoC 764507 p.Ala380Ser missense_variant 0.17
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.22
rpoC 764530 c.1161C>T synonymous_variant 0.24
rpoC 764533 c.1164C>T synonymous_variant 0.24
rpoC 764536 c.1167G>T synonymous_variant 0.26
rpoC 764539 c.1170C>G synonymous_variant 0.28
rpoC 764548 c.1179G>C synonymous_variant 0.35
rpoC 764560 c.1191T>C synonymous_variant 0.39
rpoC 764572 c.1203G>C synonymous_variant 0.3
rpoC 764573 p.Leu402Ile missense_variant 0.31
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.31
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.32
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.33
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.27
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.26
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.25
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.24
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.23
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 764695 c.1326T>C synonymous_variant 0.22
rpoC 764701 c.1332C>G synonymous_variant 0.24
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.24
rpoC 764716 c.1347G>C synonymous_variant 0.24
rpoC 764737 c.1368G>C synonymous_variant 0.23
rpoC 764746 c.1377G>C synonymous_variant 0.23
rpoC 764749 c.1380G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 764764 c.1395T>C synonymous_variant 0.21
rpoC 764785 c.1416C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 766619 p.Gln1084Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472583 n.738T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472674 n.829T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472685 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1473797 n.140G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473806 n.149C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473807 n.150T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473815 n.158T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473845 n.188G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474476 n.819C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474483 n.826C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474558 n.901G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474709 n.1053delT non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474714 n.1058delT non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475113 n.1456C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475116 n.1459G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475599 n.1942A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475602 n.1945G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475604 n.1950_1951delAT non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475608 n.1951T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475621 n.1964T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475642 n.1985T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475649 n.1992A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475655 n.1998T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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rrl 1475764 n.2107A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
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rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
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rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
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rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475997 n.2340A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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