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Run: ERR2228900
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Run ID: ERR2228900

Sample name:

Date: 31-03-2023 16:25:26

Number of reads: 997979

Percentage reads mapped: 46.53

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 0.2 rifampicin
rpoB 761131 p.Gly442Glu missense_variant 0.21 rifampicin
rpoB 761196 p.Leu464Met missense_variant 0.12 rifampicin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.33
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.27
rpoB 761111 c.1305C>T synonymous_variant 0.11
rpoB 761133 p.Leu443Met missense_variant 0.21
rpoB 761147 c.1341C>T synonymous_variant 0.14
rpoB 761150 c.1344A>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761159 c.1353G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761160 c.1354C>T synonymous_variant 0.12
rpoB 761165 c.1359G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761175 c.1369C>T synonymous_variant 0.12
rpoB 761180 c.1374A>T synonymous_variant 0.12
rpoB 761186 p.Glu460Asp missense_variant 0.12
rpoB 761195 c.1389G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762878 p.Ile1024Met missense_variant 0.34
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.35
rpoC 762899 c.-471G>T upstream_gene_variant 0.36
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.4
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.45
rpoC 762959 c.-411G>T upstream_gene_variant 0.5
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.46
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.4
rpoC 762989 c.-381G>A upstream_gene_variant 0.36
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 0.35
rpoB 763002 c.3197dupA frameshift_variant 0.33
rpoB 763006 c.3201delC frameshift_variant 0.28
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 0.25
rpoC 763528 c.159G>A synonymous_variant 0.37
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.48
rpoC 763537 c.168C>G synonymous_variant 0.49
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.48
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.5
rpoC 763573 c.204G>C synonymous_variant 0.5
rpoC 763594 c.225C>T synonymous_variant 0.47
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.36
rpoC 763627 p.Lys86Asn missense_variant 0.36
rpoC 763642 c.273G>T synonymous_variant 0.27
rpoC 763648 c.279C>A synonymous_variant 0.17
rpoC 763651 c.282C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 763654 c.285C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 766896 p.Leu1176Ser missense_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303747 p.Thr273Ala missense_variant 1.0
embR 1416977 p.His124Arg missense_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471926 n.81C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1471929 n.84C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1471930 n.85G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1471932 n.87A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1471936 n.91A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1471967 n.122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1471970 n.125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1471972 n.127T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1471980 n.135G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1471981 n.136C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1471993 n.149_150delGC non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472009 n.164T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472026 n.181C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472085 n.240C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472107 n.262A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472288 n.443A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472290 n.445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472324 n.479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472325 n.480G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472326 n.481T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472329 n.484A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472330 n.485G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472368 n.523A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472507 n.662C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472522 n.677T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472571 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472582 n.737G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472585 n.740A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472623 n.778A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472767 n.922G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472812 n.967A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472954 n.1110delC non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472958 n.1113_1114insC non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472986 n.1141_1142insA non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472989 n.1145delA non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473094 n.1249T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473120 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473122 n.1277T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473226 n.1381C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473324 n.1479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1473832 n.175C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473836 n.179A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473839 n.182G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473862 n.205C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473887 n.230T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473899 n.242A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473916 n.259C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473922 n.265A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473923 n.266C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474166 n.509G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474167 n.510T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474202 n.545T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474218 n.561T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474265 n.608G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474269 n.612C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474287 n.631_649delCCTTTTCCTCTCCGGAGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474467 n.810A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474488 n.831G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474496 n.839C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
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rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474516 n.859C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
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rrl 1474582 n.925T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474799 n.1143delT non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474803 n.1146_1147insA non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474806 n.1149A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474853 n.1196A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474928 n.1271C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475661 n.2004G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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