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Run: SRR6045909
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Run ID: SRR6045909

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:07:32

Number of reads: 196591

Percentage reads mapped: 3.98

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5847 p.Gly203Glu missense_variant 0.25
gyrA 8549 c.1248C>T synonymous_variant 0.33
gyrA 9036 p.Ala579Thr missense_variant 0.25
ccsA 620722 p.Tyr278His missense_variant 0.17
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.33
rpoB 760973 c.1167G>T synonymous_variant 1.0
rpoB 760982 c.1176G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 760988 c.1182C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 760991 c.1185G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 760997 c.1191G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761030 c.1224G>C synonymous_variant 0.67
rpoB 761037 c.1231T>C synonymous_variant 0.67
rpoB 761051 c.1245G>C synonymous_variant 0.33
rpoB 761054 c.1248G>C synonymous_variant 0.33
rpoB 761057 c.1251G>C synonymous_variant 0.25
rpoB 761060 c.1254C>G synonymous_variant 0.25
rpoB 761066 c.1260G>C synonymous_variant 0.25
rpoB 761084 c.1278C>A synonymous_variant 0.25
rpoB 761088 c.1282_1283delAGinsTC synonymous_variant 0.25
rpoB 761096 c.1290G>C synonymous_variant 0.25
rpoB 761099 c.1293C>T synonymous_variant 0.25
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.25
rpoB 761435 p.Asp543Glu missense_variant 0.5
rpoC 762902 c.-468C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.5
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 0.5
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.5
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.5
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.29
rpoC 762956 c.-414G>T upstream_gene_variant 0.22
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.22
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762980 c.-390T>C upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.17
rpoC 762995 c.-375G>C upstream_gene_variant 0.25
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 0.15
rpoB 763014 p.Met1070Leu missense_variant 0.15
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 0.15
rpoC 763022 c.-348C>T upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.3
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.27
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 0.18
rpoC 763043 c.-327G>C upstream_gene_variant 0.18
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.17
rpoC 763067 c.-303C>G upstream_gene_variant 0.18
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.27
rpoB 763077 p.Val1091Thr missense_variant 0.18
rpoC 763636 c.267T>C synonymous_variant 0.27
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.27
rpoC 763647 p.Gly93Ala missense_variant 0.15
rpoC 763655 p.Glu96Asn missense_variant 0.15
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763669 c.300C>G synonymous_variant 0.31
rpoC 763672 c.303C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 763675 c.306C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 763696 c.327T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763699 c.330G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.44
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.44
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.5
rpoC 763718 p.Leu117Val missense_variant 0.25
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.5
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.5
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.5
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.5
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.5
rpoC 763744 c.375G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.4
rpoC 763765 c.396T>G synonymous_variant 0.2
rpoC 763772 p.Val135Met missense_variant 0.33
rpoC 763781 p.Ser138Ala missense_variant 0.25
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.25
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764737 c.1368G>T synonymous_variant 0.18
rpoC 764746 c.1377G>T synonymous_variant 0.2
rpoC 764755 p.Asp462Glu missense_variant 0.2
rpoC 764758 c.1389C>G synonymous_variant 0.2
rpoC 764760 p.Asn464Ser missense_variant 0.2
rpoC 764764 c.1395T>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764767 c.1398G>T synonymous_variant 0.18
rpoC 764776 c.1407C>T synonymous_variant 0.18
rpoC 764785 c.1416C>T synonymous_variant 0.25
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781796 p.Met79Ile missense_variant 0.33
rpsL 781802 c.243G>T synonymous_variant 0.4
rpsL 781811 c.252C>T synonymous_variant 0.4
rpsL 781814 c.255C>T synonymous_variant 0.4
rpsL 781817 c.258G>T synonymous_variant 0.4
rpsL 781832 c.273T>C synonymous_variant 0.29
rpsL 781835 c.276T>C synonymous_variant 0.29
Rv1258c 1406787 p.Ile185Ser missense_variant 0.33
Rv1258c 1407308 c.33G>T synonymous_variant 0.5
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471878 n.33C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1471911 n.66C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1471997 n.152T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472023 n.178G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472256 n.411T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472330 n.485_486insT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472338 n.493A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472380 n.535G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472405 n.560C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.15
rrl 1473676 n.19G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473679 n.22T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1473697 n.40C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1473698 n.41G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1473718 n.61G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1473721 n.64G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1473722 n.65G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1473731 n.74T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1473744 n.87T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1473746 n.89T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1473747 n.90C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1473751 n.94C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1473753 n.96A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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