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Run: ERR4821616
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Run ID: ERR4821616

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Date: 01-04-2023 17:21:19

Number of reads: 515099

Percentage reads mapped: 47.75

Strain: lineage1.1.3.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.3 Indo-Oceanic EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.3.1 Indo-Oceanic NA RD239 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472307 n.462C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47 streptomycin
ethA 4326008 c.1465dupG frameshift_variant 0.12 ethionamide, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrB 6257 p.Asp340His missense_variant 0.2
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 8784 p.Arg495Gly missense_variant 0.12
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491014 p.Thr78Pro missense_variant 0.29
fgd1 491027 p.Asn82Thr missense_variant 0.33
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575920 c.573C>T synonymous_variant 1.0
ccsA 619831 c.-60T>G upstream_gene_variant 0.38
ccsA 620532 c.642T>G synonymous_variant 0.2
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.33
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763660 c.291T>G synonymous_variant 0.18
rpoC 763672 c.303C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 764398 c.1029G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764404 c.1035C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764405 c.1036_1038delAGGinsCGT synonymous_variant 0.14
rpoC 764428 c.1059G>T synonymous_variant 0.25
rpoC 764434 c.1065A>G synonymous_variant 0.25
rpoC 764435 c.1066_1068delAGGinsCGC synonymous_variant 0.25
rpoC 764438 p.Leu357Met missense_variant 0.25
rpoC 764441 p.Ile358Leu missense_variant 0.25
rpoC 764449 c.1080G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764455 c.1086G>T synonymous_variant 0.23
rpoC 764461 c.1092A>G synonymous_variant 0.21
rpoC 764470 c.1101C>G synonymous_variant 0.21
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.17
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
rpoC 765230 p.Ala621Thr missense_variant 1.0
rpoC 765732 p.Ala788Val missense_variant 0.14
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777705 p.Ser259Trp missense_variant 0.15
mmpR5 779396 p.Leu136Gln missense_variant 0.17
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781585 p.Arg9Pro missense_variant 0.14
rpsL 781679 c.120C>T synonymous_variant 1.0
fbiC 1303411 p.Trp161Arg missense_variant 0.11
Rv1258c 1406948 c.393C>G synonymous_variant 0.5
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472027 n.184_188delCGGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472037 n.192A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472038 n.193_194insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472041 n.196C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472042 n.197_198insG non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472053 n.211_212delGC non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472057 n.212C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472061 n.216A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472062 n.217G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472069 n.224G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472138 n.293C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472147 n.302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472278 n.433C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472279 n.434T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472296 n.454_458delTCCGG non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472303 n.458G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472431 n.586G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472840 n.995A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472843 n.998_999insT non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472846 n.1002delG non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472849 n.1004C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472855 n.1011_1012insGT non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1473676 n.19G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1473697 n.40C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1473698 n.41G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1473699 n.42A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1473700 n.43G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473719 n.62G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1473728 n.71A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
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rrl 1473750 n.93C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473770 n.113T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473877 n.220G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473880 n.223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473895 n.238C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473899 n.242A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473905 n.248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474123 n.466A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474143 n.486T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474293 n.637_650delCCTCTCCGGAGGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474309 n.652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474311 n.654_655insT non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474384 n.727C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474415 n.758C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474447 n.790G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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