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Run: DRR184982
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Run ID: DRR184982

Sample name:

Date: 31-03-2023 07:22:52

Number of reads: 729141

Percentage reads mapped: 58.97

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 0.13 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490751 c.-32T>G upstream_gene_variant 0.25
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 619831 c.-60T>G upstream_gene_variant 0.28
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 760991 c.1185G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 760997 c.1191G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761006 c.1200C>G synonymous_variant 0.12
rpoB 761013 p.Val403Ile missense_variant 0.15
rpoB 761027 c.1221A>G synonymous_variant 0.12
rpoB 761036 c.1230G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761037 c.1231T>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761046 p.Ile414Val missense_variant 0.13
rpoB 761051 c.1245G>T synonymous_variant 0.14
rpoB 761054 c.1248G>C synonymous_variant 0.14
rpoB 761057 c.1251G>C synonymous_variant 0.14
rpoB 761060 c.1254C>T synonymous_variant 0.14
rpoB 761063 c.1257C>T synonymous_variant 0.14
rpoB 761087 c.1281C>G synonymous_variant 0.15
rpoB 761088 c.1282_1284delAGCinsTCG synonymous_variant 0.15
rpoB 761097 c.1291_1293delAGCinsTCG synonymous_variant 0.15
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.15
rpoB 761126 c.1320G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761132 c.1326G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761150 c.1344A>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761165 c.1359G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761168 c.1362C>G synonymous_variant 0.13
rpoB 762849 p.Tyr1015Ala missense_variant 0.12
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762917 c.-453C>G upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762923 c.-447C>G upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.19
rpoC 762980 c.-390T>C upstream_gene_variant 0.19
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.19
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.2
rpoC 762995 c.-375G>C upstream_gene_variant 0.21
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 0.19
rpoB 763014 p.Met1070Leu missense_variant 0.14
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 0.14
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763034 c.-336C>G upstream_gene_variant 0.11
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764498 p.Ser377Ala missense_variant 0.14
rpoC 764503 c.1134G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764536 c.1167G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764545 c.1176C>G synonymous_variant 0.19
rpoC 764548 c.1179G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764549 p.Pro394Thr missense_variant 0.19
rpoC 764560 c.1191T>C synonymous_variant 0.19
rpoC 764561 p.Pro398Ala missense_variant 0.19
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.2
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.19
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.17
rpoC 764611 c.1242G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.19
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.19
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.19
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764665 c.1296C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764668 c.1299C>T synonymous_variant 0.15
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 0.97
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472284 n.439C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472311 n.466C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472314 n.469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472333 n.488G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472434 n.589_590insC non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472437 n.592T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472438 n.594delC non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472451 n.606C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472456 n.611T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472460 n.615T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472461 n.616G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472467 n.622G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472507 n.662C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472571 n.726G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472606 n.761C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472623 n.778A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472645 n.800G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472660 n.815T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472666 n.821G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472694 n.849C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472714 n.869A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472844 n.999C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472848 n.1003T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472859 n.1014G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472867 n.1022T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472868 n.1023T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472869 n.1024G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472870 n.1025T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472993 n.1148G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473134 n.1289T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473269 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473320 n.1475G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473324 n.1479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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rrl 1474265 n.608G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474308 n.653_654delTG non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474359 n.702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474414 n.757C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474415 n.758C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474416 n.761_784delCACGCGCATACGCGCGTGTGAATA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474444 n.787G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474488 n.831G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474516 n.859C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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