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Run: SRR13423546
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Run ID: SRR13423546

Sample name:

Date: 03-04-2023 08:51:48

Number of reads: 4487066

Percentage reads mapped: 88.4

Strain: lineage4.4.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.2 Euro-American T1;T2 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781928 c.369G>A synonymous_variant 0.97
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472507 n.662C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472571 n.726G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472666 n.821G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472670 n.825G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472674 n.829T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472694 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472844 n.999C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472848 n.1003T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472859 n.1014G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472862 n.1017T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472863 n.1018T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473324 n.1479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474184 n.527C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474202 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474265 n.608G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474275 n.618T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474291 n.635_646delTTCCTCTCCGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474305 n.648G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474308 n.653_654delTG non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474359 n.702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474675 n.1018C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474708 n.1052dupG non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474711 n.1054_1055insA non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474714 n.1058delT non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474717 n.1060A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474752 n.1096delA non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474770 n.1113G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474778 n.1121C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475060 n.1404delC non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475065 n.1408G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475067 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475068 n.1411A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475076 n.1419C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475078 n.1421T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475079 n.1422T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475081 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1475084 n.1427G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475113 n.1456C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475116 n.1459G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475752 n.2095C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475776 n.2119G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475996 n.2339T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475997 n.2340A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476105 n.2450delA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476117 n.2460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
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