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Run: ERR10796591
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Run ID: ERR10796591

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:12:05

Number of reads: 423821

Percentage reads mapped: 99.8

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.99
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.98
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761100 p.Gln432Lys missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
eis 2715369 c.-37G>T upstream_gene_variant 1.0 kanamycin
ethA 4327480 c.-7T>C upstream_gene_variant 1.0 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620616 p.Phe242Leu missense_variant 0.5
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 0.5
rpoB 760080 p.Asp92Tyr missense_variant 0.5
rpoB 762212 c.2406G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762218 c.2412T>G synonymous_variant 1.0
rpoB 762245 c.2439G>T synonymous_variant 1.0
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762266 c.2460T>G synonymous_variant 1.0
rpoB 762293 c.2487T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 762842 c.-528G>C upstream_gene_variant 0.67
rpoB 762855 p.Val1017Ile missense_variant 0.75
rpoB 762858 p.Thr1018Ser missense_variant 0.75
rpoC 762863 c.-507T>G upstream_gene_variant 0.83
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.75
rpoC 762887 c.-483G>C upstream_gene_variant 0.75
rpoC 762896 c.-474G>C upstream_gene_variant 0.67
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.6
rpoC 762932 c.-438G>C upstream_gene_variant 0.43
rpoC 762938 c.-432G>C upstream_gene_variant 0.4
rpoC 762965 c.-405T>C upstream_gene_variant 0.3
rpoC 762980 c.-390T>C upstream_gene_variant 0.3
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.44
rpoC 762995 c.-375G>C upstream_gene_variant 0.25
rpoC 763405 c.36C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763409 c.40_42delCTTinsTTG synonymous_variant 1.0
rpoC 763414 c.45T>G synonymous_variant 1.0
rpoC 763429 c.60C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763441 c.72C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763444 c.75T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763447 c.78C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763456 c.87A>G synonymous_variant 1.0
rpoC 763468 c.99G>A synonymous_variant 1.0
rpoC 763486 c.117T>G synonymous_variant 1.0
rpoC 763528 c.159G>A synonymous_variant 1.0
rpoC 764713 c.1344G>T synonymous_variant 0.38
rpoC 764716 c.1347G>C synonymous_variant 0.43
rpoC 764746 c.1377G>T synonymous_variant 0.43
rpoC 764752 c.1383G>C synonymous_variant 0.5
rpoC 764758 c.1389C>G synonymous_variant 0.75
rpoC 764764 c.1395T>C synonymous_variant 0.75
rpoC 764791 c.1422C>G synonymous_variant 0.6
rpoC 764803 c.1434C>T synonymous_variant 0.6
rpoC 764809 c.1440C>T synonymous_variant 0.5
mmpL5 775998 p.Gly828Val missense_variant 0.67
mmpL5 777026 c.1455C>T synonymous_variant 0.5
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471845 n.-1G>T upstream_gene_variant 0.5
rrs 1471852 n.7T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1471858 n.13A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1471866 n.21C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1471918 n.73A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1471925 n.80T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1471927 n.82T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1471928 n.83T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1471936 n.91A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1471996 n.151C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472063 n.218C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472141 n.296G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472284 n.439C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472332 n.487A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472333 n.488G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472841 n.996G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472846 n.1001C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472847 n.1002G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472849 n.1004C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472866 n.1023dupT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472875 n.1030T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.22
rrl 1474124 n.467G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474125 n.468C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
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