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Run: SRR18002994
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Run ID: SRR18002994

Sample name:

Date: 03-04-2023 19:13:10

Number of reads: 3578911

Percentage reads mapped: 76.67

Strain: lineage4.2.2

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 1.0
lineage4.2.2 Euro-American (Ural) T;LAM7-TUR None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.99 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 7172 p.Asp645Asn missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576077 c.730C>T synonymous_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.36
rpoC 766625 c.3256C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1473820 n.163A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474124 n.467G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474125 n.468C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474156 n.499G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474425 n.768A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474428 n.771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474674 n.1018delC non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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