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Run: DRR184629
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Run ID: DRR184629

Sample name:

Date: 31-03-2023 07:15:16

Number of reads: 12004424

Percentage reads mapped: 67.89

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 759801 c.-6T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763528 c.159G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.14
rpoC 763550 p.Tyr61Ala missense_variant 0.14
rpoC 763558 c.189C>A synonymous_variant 0.15
rpoC 763570 c.201G>A synonymous_variant 0.16
rpoC 763573 c.204G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763597 c.228G>A synonymous_variant 0.18
rpoC 763621 c.252C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 763636 c.267T>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763652 p.Ile95Leu missense_variant 0.17
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763666 c.297G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 763672 c.303C>G synonymous_variant 0.15
rpoC 763705 c.336G>A synonymous_variant 0.12
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764182 p.Asp271Glu missense_variant 1.0
rpoC 764560 c.1191T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.13
rpoC 764602 c.1233C>A synonymous_variant 0.16
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.17
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764668 c.1299C>T synonymous_variant 0.16
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.16
rpoC 764678 p.Lys437His missense_variant 0.16
rpoC 764705 p.Leu446Thr missense_variant 0.17
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764746 c.1377G>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764752 c.1383G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764755 c.1386C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764764 c.1395T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764767 c.1398G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764780 c.1411_1413delAGCinsTCG synonymous_variant 0.11
rpoC 764797 c.1428G>C synonymous_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472023 n.178G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472030 n.185G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472031 n.186G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472034 n.189T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472041 n.196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472042 n.197T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472043 n.198T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472054 n.210_212delCGC non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472061 n.216A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472062 n.217G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472065 n.220G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472067 n.222G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472245 n.400C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472337 n.492C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472506 n.661A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472572 n.727T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473047 n.1202C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473094 n.1249T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473157 n.1312C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473280 n.1435G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473298 n.1453A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474287 n.630T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474290 n.633T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474359 n.702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474476 n.819C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474483 n.826C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474496 n.839C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474520 n.863A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474558 n.901G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474806 n.1149A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474822 n.1165G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474905 n.1248T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475696 n.2039T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475697 n.2040C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475703 n.2046A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1475963 n.2306G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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