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Run: SRR9971168
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Run ID: SRR9971168

Sample name:

Date: 04-04-2023 23:14:46

Number of reads: 2958028

Percentage reads mapped: 69.79

Strain: lineage4.3.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.2 Euro-American (LAM) LAM3 None 1.0
lineage4.3.2.1 Euro-American (LAM) LAM3 RD761 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5520 p.Pro94Leu missense_variant 1.0
gyrA 7222 c.-80C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.2
rpoB 761987 c.2181C>T synonymous_variant 0.13
rpoB 761999 c.2193G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762003 p.Asn733Gln missense_variant 0.12
rpoB 762026 c.2220G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762030 p.Thr742Ser missense_variant 0.12
rpoB 762053 c.2247T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762057 p.Ile751Val missense_variant 0.11
rpoB 762062 c.2256T>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762065 c.2259T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762080 c.2274G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762086 c.2280G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762101 c.2295C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 762917 c.-453C>G upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762923 c.-447C>G upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.16
rpoC 763031 c.-339T>G upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763483 c.114G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763486 c.117T>G synonymous_variant 0.18
rpoC 763504 c.135C>A synonymous_variant 0.2
rpoC 763507 c.138G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 763528 c.159G>C synonymous_variant 0.26
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.26
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.27
rpoC 763537 c.168C>T synonymous_variant 0.26
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.27
rpoC 763550 p.Tyr61Ala missense_variant 0.27
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.31
rpoC 763585 c.216C>G synonymous_variant 0.31
rpoC 763621 c.252C>T synonymous_variant 0.34
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.34
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.31
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.29
rpoC 763666 c.297G>T synonymous_variant 0.28
rpoC 763696 c.327T>C synonymous_variant 0.24
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.24
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 763709 c.340C>T synonymous_variant 0.23
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.23
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.23
rpoC 763726 c.357C>T synonymous_variant 0.23
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.23
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.23
rpoC 763744 c.375G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.24
rpoC 763765 c.396T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764503 c.1134G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764507 p.Ala380Ser missense_variant 0.13
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764524 c.1155C>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764527 c.1158C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764533 c.1164C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764536 c.1167G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764542 c.1173C>G synonymous_variant 0.22
rpoC 764548 c.1179G>A synonymous_variant 0.22
rpoC 764560 c.1191T>C synonymous_variant 0.24
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.22
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.21
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.23
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.23
rpoC 764611 c.1242G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764668 c.1299C>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764679 p.Lys437Ser missense_variant 0.14
rpoC 764683 c.1314G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764690 p.Cys441Ala missense_variant 0.13
rpoC 764701 c.1332C>G synonymous_variant 0.15
rpoC 764705 p.Leu446Thr missense_variant 0.17
rpoC 764716 c.1347G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764737 c.1368G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764746 c.1377G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764752 c.1383G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764755 c.1386C>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764764 c.1395T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472092 n.247C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472120 n.275G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472245 n.400C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472337 n.492C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472380 n.535G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472506 n.661A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472572 n.727T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473047 n.1202C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473111 n.1266A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473157 n.1312C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473298 n.1453A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474171 n.514C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474287 n.630T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474290 n.633T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474476 n.819C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474483 n.826C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474498 n.841G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474505 n.848C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474520 n.863A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474558 n.901G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474717 n.1060_1061insGGTTC non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474806 n.1149A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474822 n.1165G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474905 n.1248T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475109 n.1452C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475116 n.1459G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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