Run ID: ERR3324368
Sample name:
Date: 01-04-2023 01:50:47
Number of reads: 719386
Percentage reads mapped: 74.16
Strain: lineage6.2.3;lineage1.1.2
Drug-resistance: RR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage1 | Indo-Oceanic | EAI | RD239 | 0.88 |
lineage6 | West-Africa 2 | AFRI_1 | RD702 | 0.13 |
lineage6.2 | West-Africa 2 | AFRI_1 | RD702 | 0.13 |
lineage1.1 | Indo-Oceanic | EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 | RD239 | 0.85 |
lineage1.1.2 | Indo-Oceanic | EAI3;EAI5 | RD239 | 0.84 |
lineage6.2.3 | West-Africa 2 | AFRI_1 | RD702 | 0.1 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761127 | p.Ser441Ala | missense_variant | 0.21 | rifampicin |
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
ethA | 4326236 | p.Gly413Asp | missense_variant | 0.84 | ethionamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 5072 | c.-168G>T | upstream_gene_variant | 0.13 |
gyrB | 6112 | p.Met291Ile | missense_variant | 0.81 |
gyrB | 6124 | c.885C>T | synonymous_variant | 0.82 |
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gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
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fgd1 | 491668 | p.Lys296Glu | missense_variant | 0.13 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
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rpoB | 761013 | p.Val403Ile | missense_variant | 0.15 |
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rpoB | 761088 | c.1282_1284delAGCinsTCG | synonymous_variant | 0.2 |
rpoB | 761097 | c.1291_1293delAGCinsTCG | synonymous_variant | 0.19 |
rpoB | 761102 | c.1296A>G | synonymous_variant | 0.19 |
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rpoB | 761196 | p.Leu464Val | missense_variant | 0.12 |
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rpoC | 763609 | c.240C>G | synonymous_variant | 0.11 |
rpoC | 763614 | c.246_251delGACCCG | disruptive_inframe_deletion | 0.12 |
rpoC | 763622 | p.Ala85Thr | missense_variant | 0.12 |
rpoC | 763630 | c.261G>C | synonymous_variant | 0.12 |
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rpoC | 763660 | c.291T>C | synonymous_variant | 0.13 |
rpoC | 763666 | c.297G>C | synonymous_variant | 0.12 |
rpoC | 763884 | p.Ala172Val | missense_variant | 0.9 |
rpoC | 763886 | c.517C>A | synonymous_variant | 0.92 |
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rpoC | 765171 | p.Pro601Leu | missense_variant | 0.86 |
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mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
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fbiC | 1302899 | c.-32A>G | upstream_gene_variant | 0.16 |
Rv1258c | 1406685 | p.Val219Ala | missense_variant | 0.15 |
embR | 1417019 | p.Cys110Tyr | missense_variant | 0.79 |
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