TB-Profiler result

Run: ERR3324368

Summary

Run ID: ERR3324368

Sample name:

Date: 01-04-2023 01:50:47

Number of reads: 719386

Percentage reads mapped: 74.16

Strain: lineage6.2.3;lineage1.1.2

Drug-resistance: RR-TB


Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 0.88
lineage6 West-Africa 2 AFRI_1 RD702 0.13
lineage6.2 West-Africa 2 AFRI_1 RD702 0.13
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 0.85
lineage1.1.2 Indo-Oceanic EAI3;EAI5 RD239 0.84
lineage6.2.3 West-Africa 2 AFRI_1 RD702 0.1
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 0.21 rifampicin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
ethA 4326236 p.Gly413Asp missense_variant 0.84 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5072 c.-168G>T upstream_gene_variant 0.13
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 0.81
gyrB 6124 c.885C>T synonymous_variant 0.82
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 0.24
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 0.8
gyrA 8493 p.Leu398Phe missense_variant 0.26
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491668 p.Lys296Glu missense_variant 0.13
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 760982 c.1176G>C synonymous_variant 0.14
rpoB 760985 c.1179G>C synonymous_variant 0.16
rpoB 760991 c.1185G>C synonymous_variant 0.15
rpoB 760997 c.1191G>C synonymous_variant 0.16
rpoB 761006 c.1200C>G synonymous_variant 0.16
rpoB 761013 p.Val403Ile missense_variant 0.15
rpoB 761027 c.1221A>G synonymous_variant 0.21
rpoB 761036 c.1230G>C synonymous_variant 0.22
rpoB 761037 c.1231T>C synonymous_variant 0.21
rpoB 761046 p.Ile414Val missense_variant 0.19
rpoB 761051 c.1245G>C synonymous_variant 0.19
rpoB 761054 c.1248G>C synonymous_variant 0.19
rpoB 761057 c.1251G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 761084 c.1278C>A synonymous_variant 0.2
rpoB 761088 c.1282_1284delAGCinsTCG synonymous_variant 0.2
rpoB 761097 c.1291_1293delAGCinsTCG synonymous_variant 0.19
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.19
rpoB 761126 c.1320G>C synonymous_variant 0.21
rpoB 761132 c.1326G>T synonymous_variant 0.2
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.2
rpoB 761150 c.1344A>C synonymous_variant 0.21
rpoB 761159 c.1353G>C synonymous_variant 0.1
rpoB 761165 c.1359G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 761180 c.1374A>G synonymous_variant 0.19
rpoB 761189 c.1383T>C synonymous_variant 0.16
rpoB 761195 c.1389G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761196 p.Leu464Val missense_variant 0.12
rpoB 761723 p.Glu639Asp missense_variant 0.15
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.17
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.24
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.21
rpoC 762917 c.-453C>A upstream_gene_variant 0.23
rpoC 762923 c.-447C>G upstream_gene_variant 0.29
rpoC 762926 c.-444C>G upstream_gene_variant 0.29
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.3
rpoC 762932 c.-438G>C upstream_gene_variant 0.22
rpoC 762959 c.-411G>C upstream_gene_variant 0.32
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.16
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.23
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 0.23
rpoB 763005 p.Cys1067Gly missense_variant 0.14
rpoB 763006 p.Cys1067Phe missense_variant 0.15
rpoC 763013 c.-357C>G upstream_gene_variant 0.21
rpoB 763014 p.Met1070Leu missense_variant 0.21
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 0.21
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763034 c.-336C>A upstream_gene_variant 0.15
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 0.22
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.22
rpoC 763058 c.-312C>G upstream_gene_variant 0.18
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.18
rpoB 763075 p.Thr1090Ile missense_variant 0.19
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763486 c.117T>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763492 c.123G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763507 c.138G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763511 p.Cys48Gly missense_variant 0.14
rpoC 763517 p.Lys50Gln missense_variant 0.12
rpoC 763528 c.159G>A synonymous_variant 0.13
rpoC 763532 p.Thr55Ser missense_variant 0.12
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763550 p.Tyr61Ala missense_variant 0.12
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763573 c.204G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763589 p.Ile74Val missense_variant 0.12
rpoC 763609 c.240C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 763614 c.246_251delGACCCG disruptive_inframe_deletion 0.12
rpoC 763622 p.Ala85Thr missense_variant 0.12
rpoC 763630 c.261G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 0.9
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 0.92
rpoC 764353 c.984G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764365 c.996C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764380 c.1011G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764387 c.1018T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764405 c.1036_1038delAGGinsCGC synonymous_variant 0.15
rpoC 764431 c.1062G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764432 p.Lys355Arg missense_variant 0.12
rpoC 764435 c.1066_1068delAGGinsCGC synonymous_variant 0.12
rpoC 764449 c.1080G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764455 c.1086G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764458 c.1089G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764461 c.1092A>G synonymous_variant 0.14
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 0.86
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 0.16
Rv1258c 1406685 p.Val219Ala missense_variant 0.15
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 0.79
atpE 1461251 c.207G>T synonymous_variant 0.21
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472284 n.439C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472333 n.488G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472507 n.662C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472571 n.726G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472606 n.761C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472623 n.778A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472645 n.800G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472660 n.815T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472666 n.821G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472686 n.841G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472694 n.849C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472714 n.869A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472993 n.1148G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473134 n.1289T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473269 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474359 n.702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474488 n.831G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474516 n.859C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474770 n.1113G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474800 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475060 n.1404delC non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475065 n.1408G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475067 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475068 n.1411A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475076 n.1419C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475078 n.1421T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475079 n.1422T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475081 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475084 n.1427G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475108 n.1451C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475111 n.1454G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475116 n.1459G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475119 n.1462C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475120 n.1463G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475692 n.2035G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475997 n.2340A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476025 n.2368G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476032 n.2375C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476033 n.2376T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476034 n.2377C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476045 n.2388G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476046 n.2389G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476047 n.2390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476056 n.2399G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476076 n.2419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476079 n.2422G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476080 n.2423T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476081 n.2424A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476082 n.2425T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476086 n.2429G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476087 n.2430C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476095 n.2438C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476103 n.2446C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476104 n.2448delG non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476110 n.2453G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476540 n.2883C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476544 n.2887T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476566 n.2909A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476601 n.2944G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476628 n.2971T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476630 n.2973A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rpsA 1834397 p.His286Asp missense_variant 0.11
rpsA 1834451 c.910_912delTTGinsCTC synonymous_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 0.19
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2167983 p.Gly877Asp missense_variant 0.85
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 0.85
Rv2752c 3064632 c.1560C>T synonymous_variant 0.91
ald 3086728 c.-92C>T upstream_gene_variant 0.28
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087084 c.266delA frameshift_variant 0.18
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 0.92
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 0.79
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
whiB7 3568507 p.Gln58Arg missense_variant 0.89
Rv3236c 3612800 p.Val106Ala missense_variant 0.25
fbiA 3640414 c.-129G>T upstream_gene_variant 0.15
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 0.74
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 0.89
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243541 c.309C>T synonymous_variant 0.17
embA 4243848 p.Val206Met missense_variant 0.92
embA 4244220 c.988C>T synonymous_variant 0.29
embA 4244379 p.Pro383Ser missense_variant 0.32
embA 4245969 p.Pro913Ser missense_variant 0.92
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
embB 4248746 p.Gly745Ser missense_variant 0.85
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338441 p.Tyr27* stop_gained 0.9
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338603 c.-82C>T upstream_gene_variant 0.88
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 0.9
gid 4408148 p.Ala19Pro missense_variant 0.8