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Run: ERR10796633

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Run ID: ERR10796633

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:12:55

Number of reads: 866159

Percentage reads mapped: 99.99

Strain: lineage4.3.4

Drug-resistance: RR-TB


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 0.5 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 6817 c.-485G>A upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 760601 c.795C>T synonymous_variant 0.14
rpoB 761088 c.1282_1283delAGinsTC synonymous_variant 0.4
rpoB 761096 c.1290G>C synonymous_variant 0.4
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.4
rpoB 761132 c.1326G>C synonymous_variant 0.5
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.5
rpoB 761150 c.1344A>C synonymous_variant 0.5
rpoB 761154 p.Ser450Arg missense_variant 0.4
rpoB 761159 c.1353G>C synonymous_variant 0.4
rpoB 761165 c.1359G>T synonymous_variant 0.33
rpoB 761180 c.1374A>C synonymous_variant 0.29
rpoB 761189 c.1383T>C synonymous_variant 0.29
rpoB 761680 p.Glu625Gly missense_variant 0.25
rpoB 762008 c.2202C>T synonymous_variant 0.29
rpoB 762014 c.2208C>T synonymous_variant 0.29
rpoB 762017 c.2211A>G synonymous_variant 0.29
rpoB 762053 c.2247T>C synonymous_variant 0.17
rpoB 762062 c.2256T>C synonymous_variant 0.17
rpoB 762065 c.2259T>C synonymous_variant 0.17
rpoB 762194 c.2388G>C synonymous_variant 0.22
rpoB 762212 c.2406G>C synonymous_variant 0.23
rpoB 762218 c.2412T>C synonymous_variant 0.27
rpoB 762227 c.2421G>A synonymous_variant 0.27
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.27
rpoB 762234 p.Pro810Ser missense_variant 0.27
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.27
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.3
rpoC 762836 c.-534C>T upstream_gene_variant 0.5
rpoC 762842 c.-528G>C upstream_gene_variant 0.43
rpoC 762854 c.-516G>C upstream_gene_variant 0.57
rpoB 762855 p.Val1017Ile missense_variant 0.71
rpoB 762858 p.Thr1018Ser missense_variant 0.75
rpoC 762863 c.-507T>G upstream_gene_variant 0.6
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.75
rpoC 762887 c.-483G>C upstream_gene_variant 0.67
rpoC 762896 c.-474G>C upstream_gene_variant 0.52
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.17
rpoC 762926 c.-444C>G upstream_gene_variant 0.61
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.63
rpoC 762938 c.-432G>C upstream_gene_variant 0.44
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.33
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.45
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.29
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.35
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 0.3
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 0.2
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763031 c.-339T>G upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763034 c.-336C>G upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763040 c.-330C>G upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.18
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 765187 p.His606Gln missense_variant 0.2
rpoC 766147 c.2778C>A synonymous_variant 0.33
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776610 p.Met624Thr missense_variant 0.14
mmpR5 779092 p.Leu35Met missense_variant 0.14
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406676 p.Leu222Arg missense_variant 0.67
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472062 n.217G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472274 n.429A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472314 n.469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472330 n.485G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472331 n.488G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472425 n.580T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472847 n.1002G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472848 n.1003T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472849 n.1004C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472858 n.1013G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472859 n.1014G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473284 n.1439A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474288 n.631C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474439 n.782A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
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