Run ID: ERR10796633
Sample name:
Date: 31-03-2023 11:12:55
Number of reads: 866159
Percentage reads mapped: 99.99
Strain: lineage4.3.4
Drug-resistance: RR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.4 | Euro-American (LAM) | LAM | RD174 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761127 | p.Ser441Ala | missense_variant | 0.5 | rifampicin |
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 | streptomycin |
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
rrs | 1473329 | n.1484G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 6817 | c.-485G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 760601 | c.795C>T | synonymous_variant | 0.14 |
rpoB | 761088 | c.1282_1283delAGinsTC | synonymous_variant | 0.4 |
rpoB | 761096 | c.1290G>C | synonymous_variant | 0.4 |
rpoB | 761102 | c.1296A>G | synonymous_variant | 0.4 |
rpoB | 761132 | c.1326G>C | synonymous_variant | 0.5 |
rpoB | 761133 | c.1327T>C | synonymous_variant | 0.5 |
rpoB | 761150 | c.1344A>C | synonymous_variant | 0.5 |
rpoB | 761154 | p.Ser450Arg | missense_variant | 0.4 |
rpoB | 761159 | c.1353G>C | synonymous_variant | 0.4 |
rpoB | 761165 | c.1359G>T | synonymous_variant | 0.33 |
rpoB | 761180 | c.1374A>C | synonymous_variant | 0.29 |
rpoB | 761189 | c.1383T>C | synonymous_variant | 0.29 |
rpoB | 761680 | p.Glu625Gly | missense_variant | 0.25 |
rpoB | 762008 | c.2202C>T | synonymous_variant | 0.29 |
rpoB | 762014 | c.2208C>T | synonymous_variant | 0.29 |
rpoB | 762017 | c.2211A>G | synonymous_variant | 0.29 |
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rpoB | 762062 | c.2256T>C | synonymous_variant | 0.17 |
rpoB | 762065 | c.2259T>C | synonymous_variant | 0.17 |
rpoB | 762194 | c.2388G>C | synonymous_variant | 0.22 |
rpoB | 762212 | c.2406G>C | synonymous_variant | 0.23 |
rpoB | 762218 | c.2412T>C | synonymous_variant | 0.27 |
rpoB | 762227 | c.2421G>A | synonymous_variant | 0.27 |
rpoB | 762233 | c.2427G>C | synonymous_variant | 0.27 |
rpoB | 762234 | p.Pro810Ser | missense_variant | 0.27 |
rpoB | 762245 | c.2439G>C | synonymous_variant | 0.27 |
rpoB | 762254 | c.2448T>C | synonymous_variant | 0.3 |
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rpoC | 762842 | c.-528G>C | upstream_gene_variant | 0.43 |
rpoC | 762854 | c.-516G>C | upstream_gene_variant | 0.57 |
rpoB | 762855 | p.Val1017Ile | missense_variant | 0.71 |
rpoB | 762858 | p.Thr1018Ser | missense_variant | 0.75 |
rpoC | 762863 | c.-507T>G | upstream_gene_variant | 0.6 |
rpoB | 762879 | p.Met1025Leu | missense_variant | 0.75 |
rpoC | 762887 | c.-483G>C | upstream_gene_variant | 0.67 |
rpoC | 762896 | c.-474G>C | upstream_gene_variant | 0.52 |
rpoC | 762899 | c.-471G>C | upstream_gene_variant | 0.17 |
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rpoB | 763005 | p.Cys1067Val | missense_variant | 0.2 |
rpoC | 763028 | c.-342T>C | upstream_gene_variant | 0.15 |
rpoC | 763031 | c.-339T>G | upstream_gene_variant | 0.14 |
rpoC | 763034 | c.-336C>G | upstream_gene_variant | 0.13 |
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rpoC | 763070 | c.-300T>C | upstream_gene_variant | 0.18 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 765187 | p.His606Gln | missense_variant | 0.2 |
rpoC | 766147 | c.2778C>A | synonymous_variant | 0.33 |
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mmpL5 | 776610 | p.Met624Thr | missense_variant | 0.14 |
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Rv1258c | 1406676 | p.Leu222Arg | missense_variant | 0.67 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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